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PDB结构相似性验证教程

共计 30 章节
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01
PDB结构相似性验证概述
结构相似性的定义 · 应用领域 · 课程目标
PDB结构相似性验证概…
02
PDB文件格式详解
原子坐标 · 链标识 · 残基命名
PDB文件格式详解
03
PDB文件解析与处理
使用Biopython读取 · 写入 · 操作PDB文件
PDB文件解析
04
结构比对基本概念
RMSD · TM-score · GDT
结构比对基本概念RMSD
05
RMSD计算原理与实现
最小二乘拟合 · 旋转矩阵 · 手动计算
RMSD计算原理
06
TM-score计算原理与实现
长度归一化 · 迭代优化 · 常用库
TM-score计算原理
07
全局比对与局部比对
CE · DALI · FATCAT算法对比
全局比对局部比对
08
序列比对与结构比对的关系
同源性与结构保守性
序列比对结构比对的关系
09
常用结构比对工具介绍
DALI · CE · TM-align
常用结构比对工具…DALI
10
使用TM-align进行结构比对
命令行与Python接口
TM-align使用
11
使用PyMOL进行结构比对与可视化
align命令 · 可视化调整
PyMOL使用
12
基于Python的结构比对库
pymol-open-source · Bio.PDB.Superimpos…
Python基于
13
结构相似性评分矩阵
BLOSUM · PAM在结构中的变体
结构相似性评分矩…BLOSUM
14
多结构比对方法
MUSTANG · POSA · MAMMOTH
多结构比对方法MUSTANG
15
结构聚类与分类
CATH · SCOP · 类平均聚类
结构聚类分类
16
结构相似性在药物发现中的应用
结合位点匹配 · 虚拟筛选
结构相似性药物发现
17
结构相似性在蛋白质功能预测中的应用
功能位点推断
结构相似性蛋白质功能预测
18
结构相似性验证的统计显著性
P值 · Z-score · 背景分布
结构相似性验证的…P值
19
结构比对的质量评估
ROC曲线 · F1-score · 人工基准集
结构比对的质量评…ROC
20
大规模结构比对
GPU加速方法 · 并行计算策略
大规模结构比对GPU
21
使用PDB数据库进行结构检索
PDB Advanced Searc… · API
PDB使用
22
结构相似性与进化关系
结构进化率 · 结构系统发育树
结构相似性进化关系
23
结构域识别与比对
SCOP域 · CATH域 · 域边界检测
结构域识别比对
24
同源建模中的结构验证
Model评估 · MolProbity · ProSA
同源建模结构验证
25
蛋白质-配体结合位点相似性
SiteAlign · FuzCav
蛋白质配体结合位点相似…
26
深度学习在结构相似性中的应用
GNN · PointNet · VGIN
深度学习结构相似性
27
结构比对结果的解释与可视化
矩阵图 · 3D叠合 · 热图
结构比对结果的解…可视化
28
自动化结构相似性验证流程
编写Snakemake或Nextfl…
自动化结构相似性…Snakemake
29
实战案例
比较两个同源蛋白结构 · 输出TM-score与RMSD
实战案例比较两个同源蛋白…
30
课程总结与未来展望
结构生物学AI趋势 · 开放挑战
课程总结未来展望