VIP20
本课程属于：040-化合物生成模型批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

PDB分子结构一致性校验与批次质量评估

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
PDB简介
蛋白质数据库历史 · 重要性 · 常见应用场景
PDB简介
02
PDB文件格式概览
ATOM记录 · HETATM · CONECT等
PDB文件格式概览
03
PDB文件解析
使用Biopython读取PDB文件…
PDB文件解析
04
分子结构的数据结构
原子坐标 · 残基 · 链的表示
分子结构的数据结…原子坐标
05
结构比对基本概念
叠加（superposition）与…
结构比对基本概念superpositio…
06
批次一致性校验的需求分析
为什么要校验 · 常见问题场景
批次一致性校验的…为什么要校验
07
批次数据准备
从PDB下载多个结构文件 · 组织目录结构
批次数据准备PDB
08
使用Biopython解析PDB
逐文件读取并提取原子坐标
BiopythonPDB
09
提取CA原子坐标
作为结构比对的标准参考点
CA提取
10
Kabsch算法原理
最小二乘旋转叠加的数学推导
Kabsch算法原理
11
计算RMSD
Python代码实现RMSD计算函数
RMSD计算
12
批量计算RMSD
循环处理多个PDB文件 · 生成RMSD矩阵
RMSD批量计算
13
结果可视化
使用matplotlib/seabo…
结果可视化matplotlib/s…
14
异常值检测
基于阈值或统计方法（IQR）标记异常…
异常值检测IQR
15
结构聚类
基于RMSD的层次聚类（scipy.…
结构聚类RMSD
16
聚类结果展示
绘制树状图（dendrogram）解…
聚类结果展示dendrogram
17
脚本化流程
将整个校验流程封装为可复用的Pyth…
脚本化流程Pyth
18
命令行工具设计
使用argparse支持参数化运行
命令行工具设计argparse
19
日志记录
记录处理进度 · 错误和结果摘要
日志记录记录处理进度
20
并行加速
使用multiprocessing或…
并行加速multiprocess…
21
处理小分子（HETATM）
非标准残基的一致性校验方法
HETATM处理小分子
22
处理多链结构
选择特定链进行比对或全链比对
处理多链结构选择特定链进行比…
23
处理对称性
生物单元与晶体学对称对RMSD的影响
处理对称性RMSD
24
存储结果
将RMSD矩阵导出为CSV/JSON…
存储结果RMSD
25
生成HTML报告
包含热图 · 表格 · 异常列表的综合报告
HTML生成
26
与PDB API交互
自动根据PDB ID列表下载结构文件
PDBAPI
27
验证结构质量
过滤低分辨率 · 高R因子等低质量结构
验证结构质量过滤低分辨率
28
案例分析
药物靶点构象一致性校验（实际案例）
案例分析药物靶点构象一致…
29
案例分析
突变体批次一致性检测与功能关联
案例分析突变体批次一致性…
30
总结与扩展
未来方向 · 与深度学习模型结合的可能
扩展未来方向