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生成分子PDB结构批次相似性验证指南

共计 30 章节
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01
PDB文件格式基础
原子坐标 · 链 · 残基
PDB文件格式基础
02
生物大分子结构数据资源
PDB数据库 · 下载方法
生物大分子结构数…PDB
03
分子结构可视化工具简介
PyMOL · Chimera等
分子结构可视化工…PyMOL
04
Python环境搭建与生物信息学库
Biopython · MDAnalysis · RDKit等
Python环境搭建
05
PDB文件解析
读取原子坐标 · 获取残基序列
PDB文件解析
06
分子结构标准化
去除水分子 · 添加氢原子 · 修复缺失原子
分子结构标准化去除水分子
07
分子相似性度量概述
RMSD · TM-score · GDT等
分子相似性度量概…RMSD
08
基于原子坐标的RMSD计算
最小二乘叠加
RMSD基于原子坐标的
09
使用Biopython实现RMSD计算
使用Biopython实现RMSD计算 · 核心概念 · 实践要点
BiopythonRMSD
10
使用MDAnalysis实现RMSD计算
使用MDAnalysis实现RMSD计算 · 核心概念 · 实践要点
MDAnalysisRMSD
11
基于主链的RMSD
alpha碳 · 骨架原子
RMSD基于主链的
12
基于形状的相似性
3D Zernike描述符
基于形状的相似性Zernike
13
基于接触图的相似性
DCC · Clash score
基于接触图的相似…DCC
14
基于序列的相似性
序列比对与结构比对
基于序列的相似性序列比对
15
批次处理框架设计
批量读取PDB文件
批次处理框架设计PDB
16
批次相似性矩阵计算
并行化策略（multiprocess…
批次相似性矩阵计…multiprocess
17
批次相似性验证流程
交叉验证 · 重复性检验
批次相似性验证流…交叉验证
18
聚类分析
基于相似性矩阵的层次聚类
聚类分析基于相似性矩阵的…
19
结果可视化
热图 · 树状图 · PCA降维
结果可视化热图
20
使用RDKit进行小分子配体相似性（针对蛋白-配体复合物）
使用RDKit进行小分子配体相似性（针对… · 核心概念 · 实践要点
RDKit使用
21
蛋白-蛋白对接相似性验证
蛋白-蛋白对接相似性验证 · 核心概念 · 实践要点
蛋白蛋白对接相似性验…
22
结构比对方法
CE · TM-align等工具的调用
结构比对方法CE
23
使用PyMOL脚本进行批量比对
使用PyMOL脚本进行批量比对 · 核心概念 · 实践要点
PyMOL使用
24
相似性阈值设定与统计分析
相似性阈值设定与统计分析 · 核心概念 · 实践要点
相似性阈值设定统计分析
25
报告生成
自动生成PDF/HTML验证报告
报告生成PDF/HTML
26
常见问题与陷阱
PDB文件格式异常 · 缺失残基处理
常见问题陷阱
27
案例实践
同源蛋白家族相似性验证
案例实践同源蛋白家族相似…
28
案例实践
构象集合相似性分析
案例实践构象集合相似性分…
29
案例实践
突变体结构相似性比较
案例实践突变体结构相似性…
30
综合项目
构建完整的PDB批次相似性验证管道
综合项目PDB