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本课程属于：040-化合物生成模型批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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基于PDB的批次质控实践

共计 30 章节
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01
PDB数据库简介
历史 · 作用与数据格式
PDB数据库简介
02
PDB文件格式详解
原子记录 · 链 · 残基
PDB文件格式详解
03
蛋白质三级结构的基本概念
蛋白质三级结构的基本概念 · 核心概念 · 实践要点
蛋白质三级结构的…重点
04
结构解析方法
X射线 · NMR · 冷冻电镜
结构解析方法X射线
05
分辨率与R值
评估结构质量的参数
分辨率R值
06
温度因子（B-factor）的意义与分析
温度因子（B-factor）的意义与分析 · 核心概念 · 实践要点
B-factor温度因子
07
PDB结构的质量指标
Clashscore · Rfree · Ramachandran分布
PDB结构的质量指标
08
使用MolProbity进行结构验证
使用MolProbity进行结构验证 · 核心概念 · 实践要点
MolProbity使用
09
PDB文件中的异常与错误常见类型
PDB文件中的异常与错误常见类型 · 核心概念 · 实践要点
PDB文件
10
PDB批量下载
使用FTP与API
PDB批量下载
11
Python操作PDB文件
Biopython基础
PythonPDB
12
使用Biopython解析PDB文件
使用Biopython解析PDB文件 · 核心概念 · 实践要点
BiopythonPDB
13
结构比对
RMSD计算
结构比对RMSD
14
批量筛选PDB结构
根据分辨率 · 日期 · 物种等
PDB批量筛选
15
批次质量控制概念
为什么需要批次质控
批次质量控制概念为什么需要批次质…
16
构象多样性
同一蛋白质的不同结构状态
构象多样性同一蛋白质的不同…
17
聚集与晶体堆积对结构质量的影响
聚集与晶体堆积对结构质量的影响 · 核心概念 · 实践要点
聚集晶体堆积对结构质…
18
DPI（衍射精度指数）评估
DPI（衍射精度指数）评估 · 核心概念 · 实践要点
DPI衍射精度指数
19
局部质量指标
密度图与CC值
局部质量指标CC
20
批次质控流程设计
从下载到报告
批次质控流程设计从下载到报告
21
自动化质控脚本编写
Python与Shell
自动化质控脚本编…Python
22
使用PDB_REDO优化结构
使用PDB_REDO优化结构 · 核心概念 · 实践要点
PDBREDO
23
批量验证
整合多种工具
批量验证整合多种工具
24
批次质控报告生成
HTML与PDF
批次质控报告生成HTML
25
统计分析
质量参数的相关性
统计分析质量参数的相关性
26
可视化
使用PyMOL批量渲染
可视化PyMOL
27
案例研究
一个批次质控的实际项目
案例研究一个批次质控的实…
28
常见陷阱
解析错误 · 缺失原子 · 修改残基
常见陷阱解析错误
29
质量控制标准与数据库
PDBe · wwPDB验证报告
质量控制标准数据库
30
未来趋势
深度学习在结构质控中的应用
未来趋势深度学习