4. Docker 容器基本操作：运行、停止、删除

容器跑起来，才算真正用上 Docker。这一章咱们就聊最核心的三个动作：运行、停止、删除。操作本身不复杂，但坑不少。我最早学 Docker 时，光一个 docker run 就踩了好几回雷，比如容器启动后根本没跑到我想要的版本、端口忘映射、容器删不掉…嗯，这些我都会在下面拆开讲。

容器生命周期核心流程 Image 镜像 Running 运行 Stopped 停止 Removed 删除 docker run docker stop docker rm -f docker rm 已停止容器 占用磁盘空间

4.1 运行容器 —— 先让它活起来

最基础的命令就是 docker run。它从镜像创建一个新容器并启动。举个实际例子——我们在后面做质控管线时会用到的 FastQC 镜像：

docker run --rm -it biocontainers/fastqc fastqc --help

这条命令里：

  • --rm——容器退出后自动删除。我个人的习惯：调试阶段不加 --rm，这样容器停了还能用 docker start 重新进去看日志；确定没问题了再补上 --rm。
  • -it——交互式，让你能实时看输出。
  • biocontainers/fastqc——镜像名，后面跟的是容器内要执行的命令。

你想想看，docker run 背后其实做了三件事：下载镜像（如果本地没有）、创建容器、启动它。但注意，docker run 不等于 docker create + docker start，后者可以分两步做，适合需要先配置再启动的场景。

曾经踩过的坑： 运行容器时忘了绑定端口。比如运行一个 Web 服务：
docker run -d nginx
跑是跑起来了，但本机根本访问不到。必须加上 -p 8080:80 才能把宿主机的 8080 端口映射到容器内的 80 端口。我当初调试 NGS 质控报告 Web 界面时就栽过这个跟头。

常用的 docker run 参数我给你整理了一个速查表：

参数 作用 举例
-d 后台运行（detached） docker run -d nginx
--name 给容器起个名字，方便管理 docker run --name myweb -d nginx
-p 端口映射 宿主机:容器 docker run -p 8080:80 nginx
-v 挂载卷（宿主机目录:容器目录） docker run -v /data:/app/data nginx
--rm 退出后自动删除容器 docker run --rm alpine echo hello
另外记住：docker run 的最后一个参数可以是命令，也可以是 sh 进入容器 Shell。例如 docker run -it alpine sh，调试镜像内部环境时非常方便。

4.2 停止容器 —— 优雅还是暴力？

停止容器有两种方式：优雅停 docker stop 和暴力停 docker kill。区别在于：

  • docker stop 先发 SIGTERM 信号，给进程 10 秒（默认）做清理工作，然后发 SIGKILL。
  • docker kill 直接发 SIGKILL，不给任何机会。

我建议在日常操作中用 docker stop，除非容器卡死无响应才用 docker kill。例子：

# 优雅停止名为 my_fastqc 的容器
docker stop my_fastqc

# 查看所有容器（包括已停止的）
docker ps -a

# 如果容器没反应，强制杀死
docker kill my_fastqc

为什么要区分？我记得有一次跑批量质控脚本，容器里正在写中间文件，用 kill 直接杀掉，结果输出文件损坏，又得重跑。从那以后我基本只用 stop，除非确认进程不关心数据一致。

4.3 删除容器 —— 清理战场

容器停止后并不会消失，只是状态变成 Exited。它们仍然占用磁盘空间。我自己的习惯是每周末清一次没用的容器。

# 删除一个停止的容器
docker rm my_fastqc

# 强制删除运行中的容器（相当于 stop + rm）
docker rm -f my_fastqc

# 删除所有已停止的容器
docker container prune

怎么查看有哪些容器可以删？用 docker ps -a，看 STATUS 是 "Exited" 的。如果容器很多，可以配合 grep：

docker ps -a | grep Exited | awk '{print $1}' | xargs docker rm

当然，更安全的是用 docker container prune，它只会删除停止的容器，运行中的不会动。这个命令执行前会问你是否确认，挺人性化。

小技巧： 如果你发现删不掉容器，提示 "Error response from daemon: unable to remove filesystem"，多半是存储驱动问题或容器还在跑。先 docker stop 再 docker rm，或者直接用 docker rm -f。我遇到过因为 overlay2 驱动 bug 导致删不掉的，重启 Docker daemon 就好了。

4.4 容器的四种状态与操作对照

为了让你对整体流程更清楚，我画了个状态对照表：

当前状态 可用操作 结果
Created（创建未启动） docker start → Running
Running（运行中） docker stop → Exited（退出码0）
Running（运行中） docker kill → Exited（退出码137）
Exited（已停止） docker start → Running
Exited（已停止） docker rm → 删除（不再存在）
这里要特别说一下：容器删除后，内部所有数据都会消失。如果你需要持久化数据，必须用 -v 挂载卷或者使用 named volume。我在给实验室搭建质控平台时，忘了挂载输出目录，跑完一上午的数据全没了，差点被老板骂死。

4.5 实战演练：从运行到删除的完整流程

拿我们后面的质控工具 FastQC 举例，你可以在终端里敲一下这段：

# 1. 查看本地是否有 fastqc 镜像
docker images | grep fastqc

# 2. 运行容器，后台执行 fastqc 分析
docker run -d --name fastqc_test \
  -v /data/fastq:/input \
  biocontainers/fastqc \
  fastqc /input/sample1.fastq

# 3. 查看容器日志
docker logs fastqc_test

# 4. 等分析完成后，停止容器
docker stop fastqc_test

# 5. 删除容器（释放磁盘）
docker rm fastqc_test

如果想一步到位：docker run --rm ...，分析完容器就自动删除，省去第4、5步。不过调试时我建议还是分开，方便出问题时进容器 h 面看看。

4.6 避坑总结

  • 容器名重复： 第二次用相同 --name 会报错，先 docker rm 旧的。
  • 端口冲突： -p 8080:80 如果 8080 已被占用，换个端口或先 docker stop 占用容器。
  • 卷权限问题： 容器内程序可能以非 root 用户运行，挂载卷的目录权限要对。我经常先 chmod 777 临时解决，但在生产环境别这么干。
  • 不要随便 docker rm -f 运行中的数据库容器： 除非你明确知道数据已持久化到卷，否则可能会丢数据。

好了，容器的运行、停止、删除就这么几个命令，但每个背后都有细节。多练几次，养成习惯——先 docker ps -a 看看环境再操作，别手一滑把正在用的容器干掉了。我当年就这么干过，一分钟前还在跑的任务被自己停了，气得想砸键盘。

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