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分子动力学模拟批次差异检测与评估

共计 30 章节
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01
分子动力学基础
分子动力学概述 · 力场介绍 · 积分算法
分子动力学基础分子动力学概述
02
模拟流程搭建
蛋白结构准备 · 溶剂化 · 能量最小化
模拟流程搭建蛋白结构准备
03
轨迹分析基础
RMSD · RMSF · 回旋半径
轨迹分析基础RMSD
04
批次效应概述
批次效应定义 · 产生原因（温度差异 · 力场版本
批次效应概述批次效应定义
05
批次差异检测需求
为什么需要检测批次差异 · 典型案例（药物筛选 · 突变影响评估）
批次差异检测需求为什么需要检测批…
06
实验设计
多批次模拟方案设计 · 重复数确定 · 随机化策略
实验设计多批次模拟方案设…
07
数据收集与整理
多批次轨迹文件管理 · 索引文件创建 · 原子选择一致性
数据收集整理
08
特征提取方法
基于RMSD矩阵的特征 · 基于距离/角度的时间序列特征
特征提取方法RMSD
09
统计学基础回顾
均值/方差/假设检验 · p值/效应量 · 多重比较校正
统计学基础回顾均值
10
单变量批次检测
t检验 · ANOVA应用于每对残基/每个可观测…
单变量批次检测t检验
11
多变量批次检测（PCA视角）
主成分分析 · PCA得分图的批次聚类 · 解释方差比
PCA多变量批次检测
12
多变量批次检测（PLS-DA）
偏最小二乘判别分析 · VIP分数筛选贡献差异的特征
PLS-DA多变量批次检测
13
距离矩阵方法
Wasserstein距离 · 最大均值差异（MMD）在分布比较中的…
距离矩阵方法Wasserstein
14
时间序列差异检测
动态时间规整（DTW） · 分段比较策略
时间序列差异检测DTW
15
核方法在批次检测中的应用
MKL · 核PCA用于非线性特征
核方法批次检测
16
差异可视化
箱线图 · 火山图 · 热图
差异可视化箱线图
17
显著性评估与阈值设定
置换检验 · FDR控制 · Effect Size阈值
显著性评估阈值设定
18
影响批次差异的因素分析
力场参数差异 · 温度耦合方案 · SHAKE约束设置
影响批次差异的因…力场参数差异
19
分批模拟的并行化
MPI/GPU并行编程 · 批处理脚本设计 · 作业调度
分批模拟的并行化MPI/GPU
20
GROMACS批次模拟实战
生成多个独立模拟 · 提取等价帧 · 生成特征矩阵
GROMACS批次模拟实战
21
Python数据处理
pandas/numpy读取多轨迹特… · 缺失值处理 · 标准化
Python数据处理
22
scikit-learn差异检测流水线
PCA · t-SNE · 层次聚类
scikit-learn差异检测流水线
23
深度学习初探
自编码器重构误差用于异常批次检测 · 对比学习
深度学习初探自编码器重构误差…
24
案例一
突变体与野生型的批次差异检测（模拟A…
案例一突变体
25
案例二
不同温度下同一蛋白的批次差异（300…
案例二不同温度下同一蛋…
26
案例三
不同力场（OPLS vs CHARM…
案例三OPLS
27
案例四
多个实验室重复的公共数据集批次合并与…
案例四多个实验室重复的…
28
自动化报告生成
Jupyter Notebook整合… · 生成可复现PDF/HTML报告
自动化报告生成Jupyter
29
常见陷阱与避坑
样本量不足 · 特征维度灾难 · 过度解读微小的统计差异
常见陷阱避坑
30
未来方向与总结
集成批次校正方法 · 主动学习筛选模拟参数 · 开放数据共享实践
未来方向集成批次校正方法