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PCA与MDS联合检测多批次数据偏差

共计 30 章节
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01
批次效应概念与重要性
批次效应概念与重要性 · 核心概念 · 实践要点
批次效应概念重要性
02
批次效应来源与影响
批次效应来源与影响 · 核心概念 · 实践要点
批次效应来源影响
03
数据预处理概述
数据预处理概述 · 核心概念 · 实践要点
数据预处理概述重点
04
标准化方法
Z-score · Min-Max
标准化方法Z-score
05
ComBat方法简介
ComBat方法简介 · 核心概念 · 实践要点
ComBat方法简介
06
PCA原理
数学基础
PCA原理
07
PCA实现
特征值分解与SVD
PCA实现
08
PCA可视化
散点图与载荷图
PCA可视化
09
使用PCA检测批次效应
使用PCA检测批次效应 · 核心概念 · 实践要点
PCA使用
10
MDS原理
经典MDS与度量MDS
MDS原理
11
MDS与PCA关系
MDS与PCA关系 · 核心概念 · 实践要点
MDSPCA
12
MDS实现
距离矩阵计算
MDS实现
13
MDS可视化
配置图与Shepard图
MDS可视化
14
使用MDS检测批次效应
使用MDS检测批次效应 · 核心概念 · 实践要点
MDS使用
15
PCA与MDS比较
PCA与MDS比较 · 核心概念 · 实践要点
PCAMDS
16
集成PCA-MDS方法概述
集成PCA-MDS方法概述 · 核心概念 · 实践要点
PCA-MDS集成
17
数据模拟
生成含批次效应的数据
数据模拟生成含批次效应的…
18
Python环境搭建与库介绍
Python环境搭建与库介绍 · 核心概念 · 实践要点
Python环境搭建
19
使用scikit-learn实现PCA
使用scikit-learn实现PCA · 核心概念 · 实践要点
scikit-learnPCA
20
使用scikit-learn实现MDS
使用scikit-learn实现MDS · 核心概念 · 实践要点
scikit-learnMDS
21
自定义PCA-MDS可视化函数
自定义PCA-MDS可视化函数 · 核心概念 · 实践要点
PCA-MDS自定义
22
颜色编码批次标签
颜色编码批次标签 · 核心概念 · 实践要点
颜色编码批次标签重点
23
解释PCA-MDS图
解读聚类与分离
PCA-MDS解释
24
批次效应量化指标
ARI · Silhouette
批次效应量化指标ARI
25
多批次数据可视化
多批次数据可视化 · 核心概念 · 实践要点
多批次数据可视化重点
26
调整参数
PC数量 · 距离度量
调整参数PC
27
结果验证
与已知批次比较
结果验证已知批次比较
28
典型应用案例
单细胞RNA-seq数据
典型应用案例RNA-seq
29
典型应用案例
基因表达微阵列数据
典型应用案例基因表达微阵列数…
30
总结与最佳实践
总结与最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践总结与最佳实践