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Nextflow断点续跑与失败任务恢复

共计 30 章节
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01
认识Nextflow
为什么需要断点续传和质控？整体框架与…
Nextflow认识
02
环境搭建
安装Nextflow · 配置Java · 设置内存与执行器
环境搭建Nextflow
03
第一个管道
最简单的单进程管道 · 理解流程定义与运行
第一个管道最简单的单进程管…
04
进程与通道
process基本结构 · channel定义与传递
进程通道
05
输入通道类型
value · file · set
输入通道类型value
06
输出通道与emit
如何正确收集结果
emit输出通道
07
管道参数与配置
params · config文件 · 作用域管理
管道参数配置
08
DSL2模块化
include · module命名空间 · 让管道可维护
DSL2模块化
09
中间结果缓存机制
Nextflow如何判断任务是否需要…
间结果缓存机制Nextflow
10
缓存键组成
输入文件内容 · 参数 · 脚本hash
缓存键组成输入文件内容
11
断点续传核心
resume标志的工作原理与使用场景
断点续传核心resume
12
缓存失效场景
哪些情况会导致缓存无效？如何避免误判
缓存失效场景哪些情况会导致缓…
13
手动清理缓存
.nextflow.log分析 · rm -rf work目录的风险
手动清理缓存nextflow.log
14
自定义缓存策略
cache · afterScript · storeDir等参数详解
自定义缓存策略cache
15
质控第一步
输出文件完整性检查——process…
质控第一步process
16
文件哈希校验
用MD5或SHA256确保结果一致性
文件哈希校验MD5
17
日志与报告
多进程日志收集 · 使用log.info()与nextf…
日志报告
18
失败重试机制
errorStrategy · maxRetries · retryWhen配置
失败重试机制errorStrateg…
19
资源监控与资源不足处理
内存不足时自动调整或杀死
资源监控资源不足处理
20
任务超时控制
time · queue · 动态资源分配
任务超时控制time
21
数据分区与分批处理
split/map操作防止单任务过大
数据分区分批处理
22
输入数据验证
beforeScript检查文件存在… · 格式正确性
输入数据验证beforeScript
23
通道过滤与异常数据排除
filter · map结合 · 避免脏数据
通道过滤异常数据排除
24
进程内质控
每个process内加入预检查与后验…
进程内质控process
25
工作流暂停与继续
通过-suspend · -resume组合手动干预
工作流暂停继续
26
分布式执行环境适配
HPC调度器（SLURM · SGE）下断点续传
分布式执行环境适…HPC
27
云平台断点续传
AWS Batch · Google Life Scienc…
云平台断点续传AWS
28
多步骤依赖与断点修复
如何精准重跑失败步骤而不影响上游
多步骤依赖断点修复
29
实战案例
RNA-seq定量管道中断后断点续传…
实战案例RNA-seq
30
最佳实践与常见陷阱
从项目经验总结的十条黄金法则
最佳实践常见陷阱