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timsTOF与Orbitrap质谱数据批次校正及验证

共计 30 章节

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课程介绍与预备知识

timsTOF与Orbitrap简介 · 批次效应问题概述

课程介绍预备知识

质谱数据基础

RAW文件格式 · 峰值列表 · 特征矩阵

质谱数据基础RAW

跨平台差异分析

不同仪器原理差异 · 质量准确度 · 分辨率

跨平台差异分析不同仪器原理差异

批次效应原理

批次效应的来源 · 系统误差与随机误差

批次效应原理批次效应的来源

数据预处理

缺失值填充 · 标准化 · 峰对齐

数据预处理缺失值填充

质量控制指标

QC样本 · RSD · 缺失率

质量控制指标QC

合并批次校正方法综述

ComBat · Harmony · limma

合并批次校正方法…ComBat

数据格式转换

从mzML到特征矩阵 · Python/MATLAB工具

数据格式转换mzML

R包安装 · Bioconductor · tidyverse

R环境搭建R包安装

使用ComBat进行批次校正

原理与实战

ComBat参数调整

协变量 · 参考批次 · eb参数

ComBat参数调整

使用limma消除批次效应

使用Harmony进行多批次合并

使用Harmony进行多批次合并 · 核心概念 · 实践要点

基于质控样品的校正

归一化因子 · 内标校准

基于质控样品的校…归一化因子

跨平台校正实战

timsTOF与Orbitrap数据…

跨平台校正实战timsTOF

数据可视化

PCA图 · 箱线图 · 热图评估校正效果

数据可视化PCA

方差分析 · Kruskal-Wallis检验 · 批次贡献度

统计评估方差分析

机器学习评估

分类器准确率 · 批次预测能力

机器学习评估分类器准确率

两组学生血浆代谢组学数据合并

实战案例1两组学生血浆代谢…

长期多批次临床样本校正

实战案例2长期多批次临床样…

timsTOF与Orbitrap串联…

实战案例3timsTOF

脚本自动化

Python/R脚本封装 · 参数化运行

脚本自动化Python/R

结果报告生成

PDF/HTML报告 · 关键指标

结果报告生成PDF/HTML

常见问题与调试

内存不足 · 奇异矩阵 · 缺失率过高

常见问题调试

保留生物学变异 · 避免过度校正

高级技巧保留生物学变异

并行计算加速

多核处理 · 批量处理

并行计算加速多核处理

Snakemake/Nextflow…

流程管理Snakemake/Ne…

Docker容器 · Slurm作业

云端部署Docker

深度学习对抗网络 · 自适应校正

未来趋势深度学习对抗网络

总结与课后练习

总结与课后练习 · 核心概念 · 实践要点

课后练习总结与课后练习