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本课程属于：032-蛋白质组学批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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limma批次校正线性模型应用案例

共计 30 章节
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01
课程导论
limma简介 · 批次效应概念 · 为什么需要批次校正
课程导论limma
02
R语言与Bioconductor环境搭建
R安装 · RStudio配置 · limma包安装
BioconductorR语言
03
表达数据基础
表达矩阵格式 · 样本注释文件 · 读取与预处理（read.table
表达数据基础表达矩阵格式
04
线性模型基础回顾
模型公式 · 设计矩阵 · 对比矩阵
线性模型基础回顾模型公式
05
limma核心原理
经验贝叶斯方法 · moderated t检验 · 方差收缩
limma核心原理
06
批次效应的来源与检测
实验批次 · 操作人员 · 芯片差异
批次效应的来源检测
07
limma批次校正的两种策略
包含协变量 vs 先校正再分析 · 各自的适用场景与优缺点
limma批次校正的两种策…
08
设计矩阵与批次效应包含
使用model.matrix构建包含… · 对比矩阵编写
设计矩阵批次效应包含
09
实战案例一
两分组比较（肿瘤 vs 正常）中含两… · 设计矩阵 · lmFit与eBayes
实战案例一vs
10
结果提取与解释
topTable · 结果排序 · logFC与adj.P.Val理解
结果提取解释
11
批次校正结果的验证
校正前后PCA对比 · 批次分离程度量化（silhouett…
批次校正结果的验…PCA
12
多批次处理
batch因子含3个以上水平 · 交互作用项 · 避免过度校正
多批次处理batch
13
limma中的removeBatchEffect函数
用法 · 参数 · 工作原理
limmaremoveBatchE…
14
实战案例二
时间序列（多时间点）中含批次 · 重复测量考虑
实战案例二时间序列
15
对比矩阵高级用法
多个对照组 · 自定义对比 · 复杂假设（如A vs B 和 C v…
对比矩阵高级用法多个对照组
16
limma与基因集富集分析（GSEA）结合
使用limma输出t值进行fGSEA · msigdbr
limmaGSEA
17
交互作用批次效应
批次与处理组的交互项 · 检验交互效应 · 可视化交互模式
交互作用批次效应批次
18
质量控制与异常样本处理
基于limma残差的异常检测 · Cook‘s距离 · 删除或标记
质量控制异常样本处理
19
实战案例三
多组学整合（RNA-seq与蛋白组）…
实战案例三RNA-seq
20
结果报告与表格输出
write.fit · 导出统计结果表格 · 生成报告文件（CSV/Excel）
结果报告表格输出
21
可视化进阶
批次校正效果热图 · 箱线图 · 密度图
可视化进阶批次校正效果热图
22
limma与混合效应模型的对比
lme4 · 随机截距 vs 固定批次 · 什么时候用哪个
limma混合效应模型的对…
23
RNA-seq数据中的应用
count转CPM/TPM · limma-voom流程 · 真实案例演示
RNA-seq数据
24
微阵列数据（Affymetrix/Illumina）特殊考虑
探针汇总 · 背景校正 · 标准化与limma批次校正
Affymetrix/I…微阵列数据
25
大样本量下的批量处理
内存管理 · 并行计算 · BatchJobs/foreach与…
大样本量下的批量…内存管理
26
重复性评估
使用limma估计技术重复与生物重复… · ICC计算
重复性评估limma
27
实战案例四
药效学实验（3个药物×2个时间点×2…
实战案例四药效学实验
28
困境与误区
过度校正 · 错误包含协变量 · 批次与主效应混淆
困境误区
29
limma批次校正的替代方案
ComBat · RUVseq · SVA
limma批次校正的替代方…
30
课程总结与项目实战建议
完整分析流程回顾 · 常见问题FAQ · 进一步学习资源
课程总结项目实战建议