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本课程属于：032-蛋白质组学批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MaxQuant与PTXQC蛋白质组质控Pipeline

共计 30 章节
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01
MaxQuant概述
质谱定量原理 · 软件功能 · 应用场景与社区资源
MaxQuant质谱定量原理
02
环境搭建
Windows/Linux下MaxQ… · Java环境配置 · 依赖库检查
环境搭建Windows/Linu…
03
数据格式
RAW文件 · mzML · 搜库结果文件格式及其转换工具
数据格式RAW
04
参数文件
mqpar.xml结构详解 · 关键参数（酶切 · 可变修饰
参数文件mqpar.xml
05
运行MaxQuant
命令行模式 · GUI操作 · 作业调度与结果输出
MaxQuant运行
06
结果文件
evidence.txt · peptides.txt · proteinGroups.txt等…
结果文件evidence.txt
07
PTXQC简介
R包PTXQC功能 · 安装（CRAN/Devtools） · 基本工作流程
PTXQC简介
08
PTXQC报告
默认QC报告生成 · 解读常见图表（鉴定曲线 · 缺失值热图等）
PTXQC报告
09
质量控制指标
MS1信噪比 · 鉴定数 · 缺失值比例
质量控制指标MS1
10
自定义QC指标
编写R函数添加新指标 · 注册到PTXQC框架中
QC自定义
11
数据预处理
缺失值填充方法（KNN · 最小值 · MLE）
数据预处理KNN
12
异常值检测
使用PTXQC统计方法（PCA · MAD · 箱线图）识别异常样本
异常值检测PTXQC
13
Pipeline概念
可重复性 · 模块化 · 工作流管理工具选型
Pipeline概念
14
Snakemake基础
规则定义 · 输入输出 · 通配符
Snakemake规则定义
15
构建第一个Pipeline
MaxQuant运行 + PTXQC…
Pipeline构建第一个
16
参数优化
调整前体质量容忍度 · 酶切错切数等参数以改善鉴定数
参数优化调整前体质量容忍…
17
并行处理
Snakemake集群配置 · MaxQuant多线程设置 · 分布式作业提交
并行处理Snakemake
18
错误处理
日志分析 · 常见错误（内存不足 · 文件路径错误）及解决方案
错误处理日志分析
19
可视化增强
自定义ggplot2主题 · 调色板 · 添加注释图层
可视化增强ggplot2
20
报告模板
RMarkdown制作动态QC报告 · 嵌入自定义表格和图表
报告模板RMarkdown
21
批量处理
多个项目/条件自动运行Pipelin… · 汇总对比报告
批量处理Pipelin
22
数据库集成
UniProt FASTA下载 · GO/KEGG注释映射至蛋白组结果
数据库集成UniProt
23
统计检验
差异蛋白筛选（t-test · ANOVA） · 富集分析（Fisher
统计检验t-test
24
交互式探索
Shiny应用原型实现QC指标交互浏…
交互式探索Shiny
25
性能调优
内存管理 · 磁盘I/O优化 · 计算资源合理配置
性能调优内存管理
26
版本控制
Git管理Pipeline代码 · 参数文件 · 追踪每次运行配置
版本控制Git
27
调试技巧
如何定位QC失败原因——从MaxQu…
调试技巧QC
28
案例分析
真实TMT多组别质谱数据全流程演示（…
案例分析TMT
29
最佳实践
参数选择 · 数据清洗准则 · 结果存档与可重复性清单
最佳实践参数选择
30
综合实战
从原始RAW文件到最终QC报告 · 完整Pipeline搭建与交付
综合实战RAW