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Snakemake测序质控流水线构建与调试

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
什么是Snakemake · 为什么用于质控流水线 · 历史与生态
Snakemake简介
02
安装与配置
Snakemake安装 · conda环境 · pip安装
安装配置
03
Snakefile基础
Snakefile结构 · rule定义 · 输入输出
Snakefile结构
04
通配符与参数化
通配符用法 · params指令 · 输入函数
通配符参数化
05
规则依赖与DAG
规则依赖关系 · 自动构建DAG · 执行顺序
DAG规则依赖
06
配置与变量
config文件 · YAML配置 · 在Snakefile中使用配置
配置变量
07
日志与报告
log指令 · 输出日志 · Snakemake报告生成
日志报告
08
并行执行
本地并行 · --cores · --jobs
并行执行本地并行
09
集群执行
SLURM · SGE · PBS等集群配置
集群执行SLURM
10
容器与Conda
--use-conda · --use-singularity · 环境隔离
Conda容器
11
模块化
include · module · 复用规则
模块化include
12
质控概览
质控在NGS中的作用 · 常见工具（FastQC · Trimmomatic
质控概览NGS
13
数据准备
如何组织输入数据 · 样本表 · 元数据
数据准备如何组织输入数据
14
FastQC规则
编写FastQC规则 · 生成质控报告
FastQC规则
15
MultiQC规则
聚合多个FastQC报告 · 生成综合报告
MultiQC规则
16
Trimmomatic规则
编写Trimmomatic规则 · 参数配置
Trimmomatic规则
17
Cutadapt规则
编写Cutadapt规则 · 适配体去除
Cutadapt规则
18
fastp规则
编写fastp规则 · 一键质控
fastp规则
19
可选质控步骤
如QC过滤后的再评估 · 循环
可选质控步骤QC
20
错误处理与调试
检查点（checkpoint） · shadow规则 · 调试技巧
错误处理调试
21
工作流扩展
添加新规则 · 集成不同工具
工作流扩展添加新规则
22
基准测试与性能
benchmark指令 · 运行时间统计
基准测试性能
23
结果可视化
使用R或Python生成质控图表
结果可视化Python
24
自动化报告
Jupyter notebooks · R Markdown集成
自动化报告Jupyter
25
帮助与文档
Snakemake文档 · 社区资源
帮助文档
26
实战案例一
单端RNA-seq质控流水线
实战案例一RNA-seq
27
实战案例二
双端RNA-seq质控流水线
实战案例二RNA-seq
28
实战案例三
宏基因组质控流水线
实战案例三宏基因组质控流水…
29
最佳实践
文件组织 · 命名规范 · 可重复性
最佳实践文件组织
30
总结与展望
Snakemake未来发展 · 质控新趋势
Snakemake未来发展