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Snakemake工作流分类质控参数调优教程

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
工作流概念 · Snakemake的优势与应用场景
Snakemake简介
02
Snakemake安装与环境配置
依赖安装 · conda环境创建与测试
Snakemake安装
03
Snakefile基本结构
规则定义 · 输入输出 · shell指令
Snakefile基本结构
04
通配符与模式匹配
wildcards的使用 · 多文件扩展示例
通配符模式匹配
05
配置文件与参数化
config · params · 以及YAML/JSON配置读取
配置文件参数化
06
常见质控工具概览
FastQC · Trimmomatic · Cutadapt
常见质控工具概览FastQC
07
FastQC参数详解
adapters设置 · contaminants过滤 · 自定义报告
FastQC参数详解
08
Trimmomatic参数调优
ILLUMINACLIP · LEADING/TRAILING · SLIDINGWINDOW
Trimmomatic参数调优
09
Cutadapt参数选择与剪接策略
adapter sequences · error rate · minimum length
Cutadapt参数选择
10
MultiQC集成
多个质控报告的汇总 · 自定义模块 · 交互式HTML
MultiQC集成
11
参数调优策略
网格搜索（Grid Search）与…
参数调优策略Grid
12
在Snakemake中实现参数网格搜索
嵌套通配符 · 批量规则设计
Snakemake实现参数网格搜索
13
并行执行基础
jobs · cores · resources参数的解释与设置
并行执行基础jobs
14
集群提交配置
SLURM · SGE · PBS等调度系统的适配
集群提交配置SLURM
15
使用Conda管理软件依赖
env.yaml · conda指令 · 环境隔离
Conda使用
16
模块化工作流设计
子工作流 · include与模块复用
模块化工作流设计子工作流
17
日志记录与调试
log指令 · 工作流失败时的排查技巧
日志记录调试
18
错误处理与自动重试
retry · onerror · 残差清理
错误处理自动重试
19
缓存与增量执行
--cache · --touch · 跳过已完成的步骤
缓存增量执行
20
性能优化
选择本地 vs 集群 · 磁盘I/O优化 · 中间文件清理
性能优化vs
21
动态资源分配
根据输入文件大小调整内存与线程数
动态资源分配根据输入文件大小…
22
工作流可视化
DAG图生成 · snakemake --dag/--…
工作流可视化DAG
23
参数调优评估指标
Read存活率 · 质量分数分布 · 接头残留率
参数调优评估指标Read
24
交叉验证与测试集设计
数据拆分 · 多次运行统计比较
交叉验证测试集设计
25
多组别对比分析工作流
条件变量 · 分组统计 · 可视化输出
多组别对比分析工…条件变量
26
自定义质控规则与Snakemake扩展
Python辅助函数 · 自定义规则
Snakemake自定义质控规则
27
持续集成与版本控制
Git管理Snakefile · 测试套件 · 自动化测试
持续集成版本控制
28
案例实战（I）
RNA-seq数据质控参数调优全流程
案例实战I
29
案例实战（II）
WGS数据分析中Trimmomati…
II案例实战
30
总结与最佳实践
参数调优的心得 · 常见陷阱与后续进阶方向
最佳实践参数调优的心得