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本课程属于：031-宏基因组分析批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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MultiQC质控报告自定义模板设计从入门到实战

共计 30 章节

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MultiQC简介与质控报告概述

MultiQC背景 · 优势 · 常用场景

MultiQC安装与环境配置

pip安装 · conda安装 · 源码编译

MultiQC基本使用流程

命令行调用 · 指定输入目录 · 输出格式选择

MultiQC基本使用流程

MultiQC报告结构解析

HTML报告的文件组织 · 模块 · 样品

MultiQC报告结构解析

自定义模板概念与必要性

为什么需要自定义模板 · 模板与默认模板的区别 · 适用范围

自定义模板概念必要性

模板引擎Jinja2基础

变量 · 过滤器 · 循环

Jinja2模板引擎

模板目录结构与配置文件

templates/ · static/ · report_data/等目录

模板目录结构配置文件

创建第一个自定义模板

复制默认模板 · 修改标题 · LOGO

创建第一个自定义…复制默认模板

模板变量与数据传递

MultiQC内置变量（如repor… · config · module_data）

模板变量数据传递

报告头部与样式定制

修改内容 · 引入自定义CSS · JavaScript库

报告头部样式定制

CSS自定义与颜色主题

覆盖Bootstrap样式 · 调整配色方案 · 实现企业级统一视觉

表格与图表布局设计

使用Bootstrap网格 · 控制表格列宽 · 集成Plotly图表

表格图表布局设计

模块数据可视化

借助Highcharts/Plotl… · 散点图 · 热图

模块数据可视化Highcharts/P…

添加自定义模块

编写Python模块解析自定义工具输… · 并在模板中渲染

添加自定义模块Python

动态内容与条件渲染

利用Jinja2的if/for控制显… · 根据样本数量调整布局

动态内容条件渲染

多报告合并与比较模板

MultiQC的聚合功能 · 模板中显示比较统计和联合图表

多报告合并比较模板

模板继承与复用

Jinja2继承机制 · 创建基础模板 · 子模板扩展特定模块

模板继承复用

插件系统与扩展模板

利用MultiQC插件钩子 · 在模板中插入额外信息或图表

插件系统扩展模板

模板调试与日志分析

开启multiQC --verbos… · 排查模板渲染错误 · 使用{{ debug() }}

模板调试日志分析

性能优化与缓存

减少重复计算 · 压缩CSS/JS · 启用模板缓存

性能优化缓存

多平台部署

Docker镜像打包模板 · Conda环境移植 · CI/CD自动化生成报告

多平台部署Docker

版本控制与模板管理

使用Git管理模板版本 · semver规范 · 变更日志维护

版本控制模板管理

定制NGS质控报告模板 · Trimmomatic · STAR等工具的集成与美化

定制RNA-seq质控报告模板 · 基因覆盖度 · 表达量分布等关键指标

定制宏基因组质控报告模板 · 丰度 · alpha多样性等图表

定制宏基因组质控…丰度

定制ChIP-seq质控报告模板 · FRiP · 信号富集等指标

整合多组学报告：同时展示基因组 · 转录组 · 表观组质控结果

整合多组学报告同时展示基因组

模板测试与自动化验证

编写单元测试验证模板渲染结果 · 使用diff工具比较输出

模板测试自动化验证

发布与共享模板到社区

在MultiQC官网注册模板 · 上传至GitHub · 编写使用文档

发布共享模板到社区

总结与进阶方向

回顾核心设计原则 · 展望MultiQC未来功能（如实时报… · 云部署）

进阶方向回顾核心设计原则