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本课程属于：031-宏基因组分析批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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MultiQC多项目质量报告自动化生成

共计 30 章节

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是什么 · 为什么需要 · 应用场景与优势

MultiQC是什么

安装与配置

pip · conda · Docker安装

命令行运行 · 输入文件格式 · 输出报告结构

基本使用命令行运行

报告导航与解读

全局统计 · 模块化视图 · 交互式图表

报告导航解读

支持的工具列表

FastQC · Kraken · STAR

支持的工具列表FastQC

自定义报告

修改默认配置 · 添加自定义标题 · logo和颜色

自定义报告修改默认配置

多项目比较

使用-m模式合并多个分析结果

多项目比较使用

数据过滤与排序

基于样品质控指标过滤和排序

数据过滤排序

HTML · PDF（wkhtmltopdf） · JSON等格式

报告导出HTML

命令行高级选项

忽略模块 · 指定输入目录 · 日志级别

命令行高级选项忽略模块

使用Python API

将MultiQC作为库集成到分析流程

插件开发入门

插件结构 · 注册方式 · 编写第一个插件

插件开发入门插件结构

插件开发进阶

解析自定义日志文件 · 添加统计图

插件开发进阶解析自定义日志文…

插件配置与模板

使用YAML定义插件参数

插件配置模板

单元测试 · 集成测试与调试方法

测试插件单元测试

创建自定义模板

Jinja2模板修改 · 定制报告外观

创建自定义模板Jinja2

使用GitHub Actions自动生成与部署报告

使用GitHub Actions自动生成… · 核心概念 · 实践要点

结合Snakemake/Nextflow流程使用MultiQC

结合Snakemake/Nextflow… · 核心概念 · 实践要点

Snakemake/Ne…MultiQC

大规模数据集优化

并行处理 · 内存管理与缓存

大规模数据集优化并行处理

MultiQC与Jupyter Notebook集成分析

MultiQC与Jupyter Note… · 核心概念 · 实践要点

常见错误与调试

缺失依赖 · 文件格式问题 · 解析失败

常见错误调试

加速分析 · 减少报告文件大小

性能调优加速分析

安全注意事项

处理敏感数据 · 报告权限控制

安全注意事项处理敏感数据

版本升级与迁移

新旧版本变化 · 兼容性检查

版本升级迁移

RNA-seq质控报告生成

真实案例1RNA-seq

WGS质控报告生成

真实案例2WGS

ChIP-seq质控报告生成

真实案例3ChIP-seq

单细胞测序质控报告生成

真实案例4单细胞测序质控报…

自动化流水线集成

与CWL/WDL结合使用

自动化流水线集成CWL/WDL

课程总结与展望

未来发展方向 · 社区资源与贡献

课程总结未来发展方向