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MetaPhlAn与Kraken2分类结果比对与验证

共计 30 章节
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01
课程简介与背景
为什么需要对比MetaPhlAn和K…
课程简介背景
02
MetaPhlAn原理简介
基于标记基因的物种分类
MetaPhlAn原理简介
03
Kraken2原理简介
基于k-mer精确匹配的分类
Kraken2原理简介
04
两种工具的核心差异
数据库 · 速度 · 精度
两种工具的核心差…数据库
05
安装与环境配置
conda安装MetaPhlAn和K…
安装环境配置
06
数据库下载与设置
MetaPhlAn的bowtie2索… · Kraken2的kmer库
数据库下载设置
07
输入数据准备
质量控制和去宿主（Qiagen · Fastp等）
输入数据准备Qiagen
08
MetaPhlAn运行命令详解
metaphlan2/metaphl…
MetaPhlAn运行命令详解
09
Kraken2运行命令详解
kraken2 --use-name…
Kraken2运行命令详解
10
输出结果格式解析
MetaPhlAn的profile表 · Kraken2的报告文件
输出结果格式解析MetaPhlAn
11
物种相对丰度矩阵
从两个工具得到一致的可比较表格
物种相对丰度矩阵从两个工具得到一…
12
一致性评估指标
Spearman相关系数 · Bray-Curtis距离 · Jaccard指数
一致性评估指标Spearman
13
混淆矩阵与分类性能
灵敏度 · 特异度 · 阳性预测值
混淆矩阵分类性能
14
使用Kraken2的bracken进行丰度估计
与MetaPhlAn对比
Kraken2bracken
15
基于模拟数据集的基准测试
CAMISIM或人工模拟菌群
基于模拟数据集的…CAMISIM
16
真实数据集对比案例
人类肠道宏基因组样本
真实数据集对比案…人类肠道宏基因组…
17
数据预处理流程统一
确保两个工具输入一致
数据预处理流程统…确保两个工具输入…
18
运行效率对比
时间 · 内存 · CPU占用
运行效率对比时间
19
结果可视化方法一
热图展示丰度相关性
结果可视化方法一热图展示丰度相关…
20
结果可视化方法二
散点图与线性拟合
结果可视化方法二散点图
21
结果可视化方法三
UpSet图展示独特与共有物种
结果可视化方法三UpSet
22
一致性评价的统计学方法
Bland-Altman图 · Kappa系数
一致性评价的统计…Bland-Altman
23
差异物种分析
两个工具鉴定出的差异菌属/种
差异物种分析两个工具鉴定出的…
24
低丰度物种的检测一致性
阈值设定影响
低丰度物种的检测…阈值设定影响
25
分类学金字塔
界门纲目科属种各层次一致性
分类学金字塔界门纲目科属种各…
26
参数调优对一致性的影响
k-mer长度 · 打分阈值 · 最小覆盖度
参数调优对一致性…k-mer
27
常见问题与排错
数据库不匹配 · 内存不足 · 结果无法对齐
常见问题排错
28
自动化对比流程
Snakemake或Nextflow…
自动化对比流程Snakemake
29
结果汇总与报告生成
使用Python脚本生成一致性报告
结果汇总报告生成
30
总结与最佳实践建议
何时用MetaPhlAn · 何时用Kraken2 · 如何结合
最佳实践建议MetaPhlAn