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Kraken2和MetaPhlAn分类结果对比分析实践

共计 30 章节
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01
课程介绍
为什么要对比Kraken2和Meta…
课程介绍Kraken2
02
宏基因组分类概述
宏基因组分类概述 · 核心概念 · 实践要点
宏基因组分类概述重点
03
Kraken2原理简介
Kraken2原理简介 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2原理简介
04
MetaPhlAn原理简介
MetaPhlAn原理简介 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn原理简介
05
两种方法的数据需求与预处理
两种方法的数据需求与预处理 · 核心概念 · 实践要点
两种方法的数据需…预处理
06
软件安装
Kraken2安装与数据库配置
软件安装Kraken2
07
软件安装
MetaPhlAn安装与数据库配置
软件安装MetaPhlAn
08
Kraken2实战
运行分类
Kraken2运行分类
09
MetaPhlAn实战
运行分类
MetaPhlAn运行分类
10
结果格式解析
Kraken2输出文件
结果格式解析Kraken2
11
结果格式解析
MetaPhlAn输出文件
结果格式解析MetaPhlAn
12
可视化工具概览
KrakenBiome · Krona等
可视化工具概览KrakenBiome
13
基于Kraken2结果的可视化
基于Kraken2结果的可视化 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2基于
14
基于MetaPhlAn结果的可视化
基于MetaPhlAn结果的可视化 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn基于
15
分类性能比较指标
精确率 · 召回率 · F1等
分类性能比较指标精确率
16
使用模拟数据进行基准测试
使用模拟数据进行基准测试 · 核心概念 · 实践要点
使用模拟数据进行…重点
17
真实数据集对比案例1
肠道微生物组
真实数据集对比案…肠道微生物组
18
真实数据集对比案例2
土壤微生物组
真实数据集对比案…土壤微生物组
19
分类级别对比
种属科等
分类级别对比种属科等
20
丰度估计差异分析
丰度估计差异分析 · 核心概念 · 实践要点
丰度估计差异分析重点
21
数据库对结果的影响
数据库对结果的影响 · 核心概念 · 实践要点
数据库对结果的影…重点
22
参数调优对结果的影响
参数调优对结果的影响 · 核心概念 · 实践要点
参数调优对结果的…重点
23
计算资源与运行时间对比
计算资源与运行时间对比 · 核心概念 · 实践要点
计算资源运行时间对比
24
集成分析流程设计
集成分析流程设计 · 核心概念 · 实践要点
集成分析流程设计重点
25
结果报告生成与自动化
结果报告生成与自动化 · 核心概念 · 实践要点
结果报告生成自动化
26
常见问题与避坑指南
常见问题与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
常见问题避坑指南
27
案例实战
从原始数据到对比报告
案例实战从原始数据到对比…
28
高级话题
使用R/Python进行统计分析
高级话题R/Python
29
总结
如何选择合适的方法
如何选择合适的方…重点
30
课程总复习与资料推荐
课程总复习与资料推荐 · 核心概念 · 实践要点
课程总复习资料推荐