VIP20
本课程属于：031-宏基因组分析批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Kraken2与MetaPhlAn分类质控方法比较

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程概述与学习目标
课程概述与学习目标 · 核心概念 · 实践要点
课程概述学习目标
02
宏基因组学与分类工具简介
宏基因组学与分类工具简介 · 核心概念 · 实践要点
宏基因组学分类工具简介
03
Kraken2 简介与核心原理
Kraken2 简介与核心原理 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2简介
04
MetaPhlAn 简介与核心原理
MetaPhlAn 简介与核心原理 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn简介
05
Kraken2 的安装与配置
Kraken2 的安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2的安装
06
MetaPhlAn 的安装与配置
MetaPhlAn 的安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn的安装
07
Kraken2 数据库构建（标准库与自定义库）
Kraken2 数据库构建（标准库与自定… · 核心概念 · 实践要点
Kraken2数据库构建
08
MetaPhlAn 数据库（标记基因数据库）
MetaPhlAn 数据库（标记基因数据… · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn数据库
09
Kraken2 标准运行流程
Kraken2 标准运行流程 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2标准运行流程
10
MetaPhlAn 标准运行流程
MetaPhlAn 标准运行流程 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn标准运行流程
11
输入数据要求对比
FASTQ/FASTA
输入数据要求对比FASTQ/FASTA
12
输出结果格式对比
Kraken2报告 vs MetaP…
输出结果格式对比Kraken2
13
分类级别对比
Kraken2的LCA vs Met…
分类级别对比Kraken2
14
运行速度与资源消耗对比
运行速度与资源消耗对比 · 核心概念 · 实践要点
运行速度资源消耗对比
15
准确性对比
模拟数据集评估
准确性对比模拟数据集评估
16
敏感性对比
低丰度物种检测
敏感性对比低丰度物种检测
17
质控概念
为什么要进行质控
质控概念为什么要进行质控
18
Kraken2 内部质量控制（信心分数、最小片段长度等）
Kraken2 内部质量控制（信心分数 · 核心概念 · 实践要点
Kraken2内部质量控制
19
MetaPhlAn 质量控制（覆盖度、丰度阈值等）
MetaPhlAn 质量控制（覆盖度 · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn质量控制
20
结果差异来源
数据库差异导致的差异
结果差异来源数据库差异导致的…
21
结果差异来源
算法差异导致的差异
结果差异来源算法差异导致的差…
22
结果差异来源
参考基因组完整性
结果差异来源参考基因组完整性
23
如何解读Kraken2与MetaPhlAn的差异？
如何解读Kraken2与MetaPhlA… · 核心概念 · 实践要点
Kraken2MetaPhlAn
24
使用Kraken2进行质控（过滤低置信度匹配）
使用Kraken2进行质控（过滤低置信度… · 核心概念 · 实践要点
Kraken2使用
25
使用MetaPhlAn进行质控（过滤低丰度物种）
使用MetaPhlAn进行质控（过滤低丰… · 核心概念 · 实践要点
MetaPhlAn使用
26
案例1
人类肠道微生物组数据集对比
案例1人类肠道微生物组…
27
案例2
环境样本数据集对比
案例2环境样本数据集对…
28
综合质控流程
结合两种工具的优势
综合质控流程结合两种工具的优…
29
常见错误与问题排查
常见错误与问题排查 · 核心概念 · 实践要点
常见错误问题排查
30
课程总结与最佳实践建议
课程总结与最佳实践建议 · 核心概念 · 实践要点
课程总结最佳实践建议