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FastQC与Trimmomatic测序质控工作流

共计 30 章节
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01
数据质控概述
为什么需要质控？FastQC与Tri…
数据质控概述FastQC
02
FastQC安装
下载 · 安装（Windows/Linux/M… · 验证
FastQC安装
03
FastQC基本使用
命令行参数 · 输入/输出格式
FastQC基本使用
04
FastQC结果解读
基本统计 · Per base sequence… · Per sequence quali…
FastQC结果解读
05
FastQC结果解读（续）
Per base sequence… · GC content · N content
FastQC结果解读
06
FastQC结果解读（续）
Sequence Length Di… · Duplicate Sequence… · Overrepresented se…
FastQC结果解读
07
FastQC结果解读（续）
Adapter Content · Kmer Content · Per tile sequence…
FastQC结果解读
08
FastQC批量运行与报告汇总
MultiQC简介 · 整合多个样本
FastQC批量运行
09
数据质控标准与阈值
如何判断数据好坏？Pass/Warn…
数据质控标准阈值
10
Trimmomatic安装
下载 · 安装 · 环境配置
Trimmomatic安装
11
Trimmomatic基础知识
ILLUMINACLIP · SLIDINGWINDOW · LEADING
Trimmomatic基础知识
12
Trimmomatic参数详解（一）
ILLUMINACLIP适配器去除 · 适配器序列文件
Trimmomatic参数详解
13
Trimmomatic参数详解（二）
SLIDINGWINDOW滑动窗口裁… · MINLEN最小长度
Trimmomatic参数详解
14
Trimmomatic参数详解（三）
LEADING · TRAILING · CROP
Trimmomatic参数详解
15
Trimmomatic参数详解（四）
AVGQUAL · MAXINFO · TOPHRED33/64
Trimmomatic参数详解
16
Trimmomatic单端数据预处理
命令示例 · 参数组合
Trimmomatic单端数据预处理
17
Trimmomatic双端数据预处理
PE模式 · paired/unpaired输出
Trimmomatic双端数据预处理
18
Trimmomatic日志解读
如何检查处理结果
Trimmomatic日志解读
19
基于FastQC的质控流程
处理前FastQC→Trimmoma…
FastQC基于
20
实战案例（一）
单端RNA-seq数据质控流程
实战案例RNA-seq
21
实战案例（二）
双端WGS数据质控流程
实战案例WGS
22
实战案例（三）
含接头污染数据的处理
实战案例含接头污染数据的…
23
实战案例（四）
低质量数据与GC偏差处理
实战案例GC
24
参数优化策略
如何根据FastQC报告调整Trim…
参数优化策略FastQC
25
自动化脚本编写
Bash脚本实现批量质控
自动化脚本编写Bash
26
使用Snakemake/Nextflow构建质控流程
使用Snakemake/Nextflow… · 核心概念 · 实践要点
Snakemake/Ne…使用
27
质控过程中的常见问题与解决方案
质控过程中的常见问题与解决方案 · 核心概念 · 实践要点
质控过程常见问题
28
数据质控报告的可视化与解读
结合MultiQC
数据质控报告的可…解读
29
质控标准在不同测序平台间的差异
Illumina vs PacBio…
质控标准不同测序平台间的…
30
课程总结与最佳实践
质控要点 · 资源推荐
课程总结最佳实践