实验流程:组织切片与放置
组织切片和放置这一步,说白了就是决定你最终能看到什么。我见过太多人花了大价钱做测序,最后因为切片这一步翻车——组织掉了、气泡没排干净、切面跟芯片对不上……那损失真不小。所以这一章我跟你聊聊我的操作习惯和踩过的坑。
3.1 组织包埋与冷冻
Visium 实验一般用 OCT 包埋剂来做冷冻包埋。我个人的习惯是先把组织块在 -80 °C 异戊烷里速冻 30 秒,然后迅速转入 -20 °C 恒温切片机。这样能最大限度减少冰晶形成——冰晶多了会刺破细胞结构,后面染色和捕获都会出问题。
我的小窍门:包埋前用纸巾吸一下组织表面多余水分,但别吸太干。水分残留会导致 OCT 与组织之间出现空隙,切片时整个组织会脱落。我吃过这个亏,后来每次都用滤纸轻轻蘸一下。
包埋时注意两点:一是 OCT 要完全覆盖组织,不要有气泡;二是组织块的摆放方向要垂直于刀片前进方向。你想想看,如果组织长轴跟刀片平行,切片时容易卷曲或者撕裂。
3.2 切片厚度与角度
Visium 官方推荐切片厚度为 10 µm。厚度太大 RNA 渗透效率会下降,厚度太小组织又容易碎。我一般设定在 10 µm,遇到特别脆的组织(比如脑组织)会调到 12 µm。
| 组织类型 | 推荐厚度 (µm) | 刀片角度 (°) | 注意事项 |
|---|---|---|---|
| 小鼠脑 | 10 | 5-8 | 海马区易皱,放慢切片速度 |
| 肝脏 | 8-10 | 4-6 | 脂肪多,防卷板要调紧 |
| 肿瘤组织 | 10-12 | 6-10 | 纤维化区域容易跳片 |
| 皮肤 | 12 | 3-5 | 角质层硬,刀片要新 |
切片机刀片角度大家容易忽略。我见过有人用 15° 的刀角切脑组织,结果每片都皱成一团。标准做法是先用刀片角度规校准到 5-8°,然后试切两片看看有没有划痕或者压缩条纹。
3.3 切片漂片与展片
切下来的组织薄片卷在刀片上,要用镊子轻轻夹住边缘,放进水浴槽里展片。水浴温度很关键——我习惯设在 40 °C,不能超过 45 °C,否则 RNA 会降解。展片时间控制在 10-20 秒,看着组织完全摊平就立刻捞起来。
千万别这样:我曾经图快,把刚切下来的切片直接往 Visium 玻片上贴,结果皱褶把捕获区域遮掉了一半。一定要先用水浴展片,让组织自然舒展,再转移到玻片上。记住:宁可多花 20 秒展片,也不要重新包埋一块组织。
捞片用的玻片有两种:普通载玻片(用来检查切片质量)和 Visium 专用玻片(正式实验用)。我先用普通玻片捞一片,在显微镜下看——细胞形态是否完整,有没有刀痕或皱褶。确认没问题了,再用同一把刀连续切几片,把它们用 Visium 玻片依次捞起。
3.4 放置在 Visium 玻片
这是整个流程里最容易出纰漏的一步。Visium 玻片上有 4 个捕获区域(或者 2 个,看版本),每个区域有 5000 个捕获位点。切片必须完美覆盖捕获区域,而且不能有任何气泡夹在组织与玻片之间。
我的操作步骤是这样的:
- 用镊子把展好的切片从水浴中捞起,放在 Visium 玻片的右上角位置(靠近捕获区域边缘)。
- 用针头轻轻挑起切片一端,让切片缓缓从一侧到另一侧落在捕获区域上。
- 立刻用 10 µL 移液器吸掉玻片上多余的液体,顺便用枪头轻轻把气泡往边缘赶。
- 在体视显微镜下检查气泡情况——如果有气泡,用针头从气泡下方刺一下,让液体进去把气泡排掉。
关键检查清单:
- 切片边缘不超出捕获区域边界(超出部分会浪费探针)
- 组织与玻片之间无可见气泡
- 切片表面平整,无折叠或重叠
- 组织形态完整,无撕裂
3.5 组织固定与染色准备
切片放好之后,要马上用甲醇固定。为什么要快?因为 RNA 在室温下、液体环境中降解很快。我一般从水浴捞片到甲醇固定,控制在 30 秒内完成。
固定步骤很简单:把 Visium 玻片浸入 -20 °C 甲醇中孵育 30 分钟。然后拿出来在室温下风干 5 分钟。之后就可以做 H&E 染色或者免疫荧光了。这里我强调一点:固定后的玻片可以放在 -80 °C 短期保存(一周以内),但别超过一个月,否则 RNA 信号会明显下降。
# 固定步骤速记命令(用计时器)
1. 切片放置完毕 → 立即
2. 浸入 -20 °C 甲醇 → 30 min
3. 室温风干 → 5 min
4. H&E 染色或 -80 °C 冻存
嗯,到这里组织切片与放置的关键流程就捋完了。你可能会觉得步骤多,但多做几次就会养成肌肉记忆。我一开始也手忙脚乱,后来把每个步骤的计时器都设好,桌面只放必需的工具——镊子、针头、计时器、水浴槽、甲醇缸——其它东西全收走,减少干扰。实验就是这样,细节决定了数据质量的底线。