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转录组与蛋白质组归一化及跨组学整合

共计 30 章节
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01
课程简介与学习目标
课程简介与学习目标 · 核心概念 · 实践要点
课程简介学习目标
02
转录组学与蛋白质组学基础概念
转录组学与蛋白质组学基础概念 · 核心概念 · 实践要点
转录组学蛋白质组学基础概…
03
RNA-seq数据预处理流程概览
RNA-seq数据预处理流程概览 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq数据预处理流程概…
04
测序质量控制
FastQC与MultiQC实战
测序质量控制FastQC
05
序列比对与定量
STAR · Salmon · Kallisto
序列比对定量
06
基因表达定量矩阵的生成与格式
基因表达定量矩阵的生成与格式 · 核心概念 · 实践要点
基因表达定量矩阵…格式
07
转录组归一化原理
CPM · RPKM · FPKM
转录组归一化原理CPM
08
DESeq2归一化与差异表达分析
DESeq2归一化与差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
DESeq2归一化
09
limma-voom归一化方法详解
limma-voom归一化方法详解 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom归一化方法详解
10
edgeR归一化与统计检验
edgeR归一化与统计检验 · 核心概念 · 实践要点
edgeR归一化
11
批次效应校正
ComBat与limma remov…
批次效应校正ComBat
12
蛋白质组学数据简介
质谱原理与数据格式
蛋白质组学数据简…质谱原理
13
蛋白质鉴定与定量工具
MaxQuant · ProteomeDiscoverer
蛋白质鉴定定量工具
14
蛋白质组归一化方法
iBAQ · LFQ · TMT
蛋白质组归一化方…iBAQ
15
基于强度的归一化
中位数 · 分位数 · 总强度
基于强度的归一化位数
16
蛋白质组数据缺失值处理方法
蛋白质组数据缺失值处理方法 · 核心概念 · 实践要点
蛋白质组数据缺失…重点
17
跨组学数据整合概述与挑战
跨组学数据整合概述与挑战 · 核心概念 · 实践要点
跨组学数据整合概…挑战
18
转录组与蛋白质组相关性分析
转录组与蛋白质组相关性分析 · 核心概念 · 实践要点
转录组蛋白质组相关性分…
19
基于共表达网络的整合策略
基于共表达网络的整合策略 · 核心概念 · 实践要点
基于共表达网络的…重点
20
使用mixOmics进行多组学整合归一化
使用mixOmics进行多组学整合归一化 · 核心概念 · 实践要点
mixOmics使用
21
实战
从原始RNA-seq数据到归一化矩阵
RNA-seq从原始
22
实战
从原始蛋白质组数据到归一化矩阵
从原始蛋白质组数…重点
23
转录-蛋白联合归一化方法
IMP · PAXdb
转录蛋白联合归一化方…
24
实战
使用Python计算TPM值
PythonTPM
25
实战
使用R进行DESeq2归一化
DESeq2使用R进行
26
实战
使用Python进行蛋白质组LFQ归…
PythonLFQ
27
实战
可视化归一化前后数据分布（箱线图 · PCA）
可视化归一化前后…箱线图
28
案例研究
药物处理下的转录-蛋白联合分析
案例研究药物处理下的转录
29
常见问题与避坑指南
常见问题与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
常见问题避坑指南
30
总结与后续学习资源推荐
总结与后续学习资源推荐 · 核心概念 · 实践要点
后续学习资源推荐总结与后续学习资…