3. Vina命令行基础：最简对接命令结构、输入输出文件要求、常见报错处理

好，咱们正式开始动手了。

命令行是AutoDock Vina的灵魂。你配置再花哨、脚本再复杂，最后都得落到一行命令上。很多新手一上来就追求“全参数拉满”，结果跑出来一堆莫名其妙的错误。我的建议是——先把最简命令跑通。

这章咱们就聚焦三件事：命令怎么写、文件长什么样、报错怎么救。

3.1 最简对接命令结构

Vina的命令行结构其实非常清爽。你不需要记住几十个参数，核心就五个：

vina --receptor receptor.pdbqt \
     --ligand ligand.pdbqt \
     --out output.pdbqt \
     --center_x 0 --center_y 0 --center_z 0 \
     --size_x 20 --size_y 20 --size_z 20

我来拆开给你看：

参数	含义	必须？
--receptor	受体文件路径（pdbqt格式）	是
--ligand	配体文件路径（pdbqt格式）	是
--out	输出文件路径	是
--center_x/y/z	搜索盒中心坐标（埃）	是
--size_x/y/z	搜索盒尺寸（埃）	是

别小看这五个参数。 我见过有人把 --center 拼成 --centers，或者忘了写 --out，结果Vina直接把结果打印到屏幕上——嗯，那画面，几千行文字刷过去，啥也没存下来。

还有一个常被忽略的点：参数顺序不影响结果。Vina的解析器是顺序无关的。你可以把 --ligand 写在第一行，也可以写在最后。我个人习惯按“受体→配体→输出→盒子”的顺序排，方便检查。

3.2 输入输出文件要求

Vina不认普通的PDB文件。它用的是PDBQT格式——简单说，就是在PDB基础上加了原子类型、电荷和旋转键信息。

受体文件（receptor.pdbqt）

必须包含：

• 所有重原子（非氢）的坐标
• AD4类型（如C、A、N、OA等）
• Gasteiger电荷
• 刚性原子标记（ROOT分支）

转换工具：prepare_receptor4.py（来自MGLTools）。

prepare_receptor4.py -r protein.pdb -o protein.pdbqt -A hydrogens

配体文件（ligand.pdbqt）

必须包含：

• 所有原子坐标
• 可旋转键定义（TORSDOF）
• ROOT/BRANCH/ENDROOT/ENDBRANCH标记

转换工具：prepare_ligand4.py。

prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt -B -U None

输出文件（output.pdbqt）

Vina输出的是多模型PDBQT。每个模型（MODEL）代表一个对接姿势。默认输出9个模型。文件里还包含了每个姿势的对接分数（打分值），在REMARK行里。

MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -8.5 0.0 0.0
ATOM      1  C   LIG     1      -1.234   2.345   3.456  0.00  0.00    C
...
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -8.2 0.0 0.0
...

你看，评分就在REMARK行里，-8.5表示结合自由能（kcal/mol）。越负越好，别搞反了。

额外输出：如果加 --log log.txt，Vina会把运行时统计信息（每个姿势的分数、耗时）写进文本文件。这个在批量跑的时候很有用。

3.3 常见报错处理

说实话，Vina的报错提示不算友好。很多错误信息就是一行“Error: cannot open file”或者“Segmentation fault”。但别慌——90%的错误都集中在几个典型问题上。

报错信息	原因	解决
Error: cannot open file	文件路径不对，或文件不存在	检查路径，用绝对路径试试
Parse error	PDBQT格式错误	重新用prepare_*脚本转换
Segmentation fault	多数是搜索盒设太小	增大 --size_x/y/z
Out of memory	受体太大或exhaustiveness太高	降低 --exhaustiveness 或裁剪受体
No torsions found	配体没有可旋转键	检查配体预处理是否成功

一个排查套路

如果你遇到Segmentation fault，先做两件事：

1. 确认搜索盒能完全包住配体。盒子的尺寸至少要比配体轮廓大4-6埃。
2. 检查受体和配体是否在同一个坐标系下。画图看一下——我曾见过有人把对接盒放在晶体结构里的另一个位点，结果配体根本不在盒子里。

另外，我建议你养成一个习惯：每次跑完，先看一眼STDERR。很多警告信息（比如“WARNING: too many flexible residues”）不会影响运行，但会影响结果质量。

3.4 本章知识结构

下面这张图帮你理清命令行调用的完整链条：

从图中可以看到，整个流程分为三个大块：输入准备 → 核心命令 → 输出与调试。你只要顺着这条线走，基本不会迷路。

3.5 练习与思考

读完这一章，你可以动手试一下这几个小练习：

1. 找一个现成的受体和配体PDB文件，用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py分别转成pdbqt。
2. 写一行最简Vina命令，故意漏掉--out参数，观察终端输出。
3. 把搜索盒尺寸改成--size_x 1 --size_y 1 --size_z 1，看看会不会段错误。为什么会这样？