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生物样本元数据标准设计与信息检索

共计 30 章节
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01
生物样本元数据概述
定义 · 重要性 · 应用场景
生物样本元数据概…定义
02
元数据标准简介
MIAME · MINSEQE · ISA-Tab等
元数据标准简介MIAME
03
样本标识与唯一性
UUID · 样本ID生成规则
样本标识唯一性
04
样本类型分类
组织 · 血液 · 细胞系
样本类型分类组织
05
样本来源信息
捐赠者信息 · 采集地点 · 时间
样本来源信息捐赠者信息
06
样本采集方法
手术 · 穿刺 · 抽血等流程记录
样本采集方法手术
07
样本处理与保存
固定 · 冷冻 · 石蜡包埋等
样本处理保存
08
样本质量评估
RNA完整性 · DNA纯度 · 细胞活力
样本质量评估RNA
09
样本存储条件
温度 · 湿度 · 容器
样本存储条件温度
10
样本使用权与伦理
知情同意 · 数据共享级别
样本使用权伦理
11
元数据字段定义
字段名称 · 数据类型 · 允许值
元数据字段定义字段名称
12
元数据模式设计
JSON Schema · YAML格式
元数据模式设计JSON
13
必填字段与可选字段
核心元数据与扩展元数据
必填字段可选字段
14
受控词汇与本体
OBO Foundry · NCIT · SNOMED
受控词汇本体
15
单位与测量值标准化
UCUM单位系统
单位测量值标准化
16
日期时间格式
ISO 8601 · 时区处理
日期时间格式ISO
17
样本关系描述
父子关系 · 配对样本 · 多组学关联
样本关系描述父子关系
18
实验流程元数据
测序平台 · 试剂 · 协议引用
实验流程元数据测序平台
19
数据文件关联
原始数据 · 处理数据 · 分析文件
数据文件关联原始数据
20
元数据验证规则
必填检查 · 格式校验 · 逻辑校验
元数据验证规则必填检查
21
元数据导出格式
Excel · CSV · JSON
元数据导出格式Excel
22
元数据提交工具
CEDS · SRA submission · ArrayExpress
元数据提交工具CEDS
23
数据仓库集成
GEO · dbGaP · European Genome-ph…
数据仓库集成GEO
24
元数据版本管理
修改历史 · 版本号 · 回滚
元数据版本管理修改历史
25
元数据搜索与检索
索引设计 · 查询API
元数据搜索检索
26
元数据安全与隐私
去标识化 · 访问控制
元数据安全隐私
27
自动化元数据采集
实验室信息系统（LIMS）集成
自动化元数据采集LIMS
28
元数据最佳实践
社区推荐 · FAIR原则
元数据最佳实践社区推荐
29
实例分析
TCGA · UK Biobank元数据模型
实例分析TCGA
30
元数据格式约定实战演练
从设计到提交全流程
元数据格式约定实…从设计到提交全流…