VIP20

本课程属于：020-SMILES分子生成建模 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

分子生成模型训练与筛选管线构建

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

分子生成概述

分子生成的意义 · 应用场景 · 常见方法（SMILES

分子生成概述分子生成的意义

Python · RDKit · PyTorch/TensorFlow…

环境搭建Python

分子表示基础

SMILES · InChI · 分子图

分子表示基础SMILES

数据获取与预处理

从ChEMBL · PubChem · ZINC等公开数据库下载数据

数据获取预处理

分子性质计算

利用RDKit计算LogP · 分子量 · 氢键供体/受体等常用描述符

分子性质计算RDKit

分子指纹与相似性

ECFP · MACCS · AtomPair指纹及其在相似度搜索…

分子指纹相似性

数据划分策略

基于分子骨架 · 性质分布或随机划分训练/验证/测试集

数据划分策略基于分子骨架

生成模型基础

自编码器（VAE） · 生成对抗网络（GAN） · 扩散模型的核心思想与对比

生成模型基础VAE

基于SMILES的VAE

编码器-解码器结构（LSTM/Tra… · 模型搭建与训练要点

基于图的分子生成

消息传递网络（MPNN） · 图VAE · 图扩散模型原理与实现

基于图的分子生成MPNN

基于3D的分子生成

等变神经网络（E(3)NN） · 3D扩散模型在分子坐标生成中的应用

基于3D的分子生…NN

目标导向分子生成

强化学习 · 贝叶斯优化如何与生成模型结合优化特定…

目标导向分子生成强化学习

分子合法性约束

SMILES语法检查 · 价电子规则 · 环张力限制等生成后过滤技巧

分子合法性约束SMILES

生成结果评价指标

有效性 · 唯一性 · 新颖性

生成结果评价指标有效性

基线模型实现

用PyTorch实现一个简单的SMI… · 包含完整训练循环

基线模型实现PyTorch

损失函数设计（ELBO · KL散度） · 学习率调度

训练策略ELBO

模型评估与可视化

生成分子集合 · t-SNE/UMAP降维可视化 · 性质分布直方图

模型评估可视化

超参数网格搜索 · 正则化（dropout · BN）

模型调优超参数网格搜索

多目标分子生成

Pareto前沿优化 · 同时优化活性 · 类药性

多目标分子生成Pareto

条件分子生成

以目标性质或分子片段为条件 · 实现条件VAE · 条件GAN

条件分子生成以目标性质或分子…

在大型数据集（如ZINC-250k）… · 在少量特定靶点上微调

迁移学习ZINC-250k

温度采样 · 束搜索 · MCMC采样在分子生成中的调参技巧

采样策略温度采样

生成分子库与虚拟筛选

使用生成模型批量生成候选分子 · 基于对接分数或QSAR排序

生成分子库虚拟筛选

从先导化合物出发 · 通过生成模型进行骨架跃迁 · 侧链修饰

分子优化从先导化合物出发

合成可行性评估

SA Score · 合成可及性预测模型（如SCScore…

合成可行性评估SA

与实验结合

主动学习循环 · 利用生成模型提出候选分子 · 实验验证后反馈更新

实验结合主动学习循环

使用FastAPI封装生成模型 · 设计REST接口 · 支持批量生成与条件输入

大规模分子生成优化

批处理 · 异步推理 · 多GPU并行生成数十万分子

大规模分子生成优…批处理

药物发现实战——以JAK2抑制剂为例 · 从头生成到虚拟筛选全流程

案例研究JAK2

总结与展望

当前挑战（如3D生成 · 蛋白-配体共生成） · 未来发展方向（多模态

当前挑战如3D生成