PS1与PS2：已知致病性错义变异与新发变异
好，咱们这一章来聊两个非常重要的强致病性证据。在ACMG分类里，PS1和PS2是判定致病的“王牌”之一。说白了，这两个证据一旦成立，对变异评级的影响非常大。
我记得刚接触遗传解读那会儿，总觉得PS1和PS2差不多，都是“已知”嘛。后来被老前辈指正过，才弄明白它们的核心区别在哪。一个是对标已知致病位点的“已知”，一个是看家系里是否新冒出来的“已知”。这两个维度完全不同。
PS1：已知致病性错义变异——同一个氨基酸，同一类改变
PS1的定义是：对于一个错义变异，如果它导致某个氨基酸替换，而这个位点之前已经报道过另一个错义变异是致病性的，并且两个变异的侧链理化性质相差不大，那就可以给PS1。
举个具体的场景。假如有个基因的编码蛋白，在第123位氨基酸上，已知某个错义变异c.368G>A(p.Arg123His)被证实是致病的。现在你手里有一个新案例，发现的是c.368G>C(p.Arg123Pro)。
这两个变异都发生在同一个密码子，都改变了同一个氨基酸。但一个是组氨酸(His)，一个是脯氨酸(Pro)。你判断一下，能不能用PS1？
嗯，这里要注意。PS1不是简单的“同一个位点”就给。关键要看理化性质。如果已知致病变异是Arg→His（碱性→碱性，性质相近），而新变异是Arg→Pro（碱性→亚氨基酸，刚性很强），性质跨度太大了，我会很谨慎。我的习惯是，只有当两个氨基酸的Grantham分值比较接近，或者属于同一大类（比如都带正电荷、都芳香族）时，才放心用PS1。
- 同一个密码子（即同一位点）
- 已知致病性错义变异（有明确文献/数据库支撑）
- 侧链理化性质相似（Grantham分值参考）
- 新变异与已知致病变异同为错义变异（不是同义、不是无义）
我在项目中遇到过一位初学者，他把PS1用得很宽——看到不同密码子、不同氨基酸、只是位于同一个蛋白域，也想给PS1。这其实不太合适。PS1是一个非常精准的证据，强调的是“在同一个氨基酸位置上的相似改变”。隔了几个密码子，那得考虑PM5（新错义变异在已知致病的同一密码子区域），但那是中等证据，不是强证据。
PS2：新发变异——家系里的“意外惊喜”
PS2的定义：对于常染色体显性遗传病，如果患者有一个变异，经家系验证确定是其父母都没有的（即新发变异），并且父母表型正常、亲缘关系确认，那么这个变异可以给PS2。
你想想看，一个变异在父母血液样本中都没有，却出现在患者身上，这本身就是很强的致病信号。尤其是当这个疾病有明确的生殖系新发突变模式时，PS2几乎可以直接锁定致病。
但这里有个大坑，我曾经踩过一回，所以一定要讲清楚。
- 必须排除嵌合体：如果父母之一的精子或卵子细胞存在低比例嵌合，外周血测不出来，那这个变异看起来是新发，实际是遗传的。这种情况不能给PS2，最多给PM6（可能新发）。
- 必须确认亲缘关系：我记得有个案例，父母双样本都检测了，发现孩子有个变异父母没有。我们高兴地准备写PS2。幸亏同事多问了一句，结果一查家系STR位点，发现父亲不是生物学父亲……那这个PS2自然就无效了。
- 必须排除表型假阴性：父母如果在儿童期之后才发病，或者是非常轻的表型，仅仅凭“父母无表型”就判定致病，可能漏掉常染色体显性遗传的延迟外显。
PS1 + PS2 组合使用的时候
为什么我把PS1和PS2放在同一章？因为在实际解读中，它们经常一起出现，互相支撑。
假设一个基因已知有多个致病错义变异集中在某个蛋白域，比如第200-300位氨基酸区间。你发现一个新病例，在已知致病变异的同一个密码子位置，出现了一个性质相近的错义变异，同时家系验证确认是新发变异。那么，PS1（已知致病变异的同一位点相似替换）+ PS2（新发变异）可以组合。
这种情况下，即使只有这两个证据，也足以判定为“致病性”（Pathogenic），因为两个强致病证据叠加，满足“≥2个Strong”的条件。
| 证据 | 级别 | 适用条件 | 关键限制 |
|---|---|---|---|
| PS1 | Strong (致病) | 同一位点已知致病错义变异 + 性质相似的新错义变异 | 仅限错义对错义；理化性质需接近 |
| PS2 | Strong (致病) | 患者有父母均无的新发变异 + 表型符合 + 亲缘关系确认 | 需排除嵌合体、延迟外显、非亲子关系 |
| PS1 + PS2 组合 | 致病性 | 同时满足上述条件时 | 2个Strong = Pathogenic |
我在项目中还遇过一个有意思的情况。一个基因的某个密码子是热点区域，已知有5个不同错义变异都是致病性的。新案例发现的是其中第6个，性质也相近。但家系验证时发现，这个变异其实不是新发，而是来自携带者母亲（母亲有轻微表型）。那么PS2不成立，但PS1依然成立，配合其他证据（比如PM2、PM5等），有时也足以判致病。
实操小技巧：记录PS1的检查清单
我个人习惯，在写报告时给PS1做一份简单的检查清单，避免遗漏。你可以参考这个流程：
PS1检查清单：
1. 新变异类型？ → 必须是错义变异
2. 已知致病变异类型？ → 必须是错义变异
3. 相同密码子位置？ → 是 / 否（不同密码子不能给PS1）
4. 理化性质相似？ → 参考Grantham分值或氨基酸大类
5. 已知致病证据质量？ → 至少有一个独立的文献/ClinVar星标>1
6. 排除同一位点致病多态？ → 不是良性多态标注的位点
如果全部通过 → 可以给PS1SVG：PS1与PS2的证据组合逻辑
下面这张图概括了PS1与PS2的核心判断流程，以及它们如何组合成强致病性证据。
总结几个容易踩的坑
这两个证据很好用，但用错的地方也不少。我把自己踩过的和见别人踩过的坑整理一下：
- PS1用在不同密码子：不在同一个密码子上的错义变异，不能用PS1。哪怕只隔了1个碱基，也不行。那是PM5的范畴。
- PS2给在显性遗传的纯合子：如果患者是常染色体隐性遗传的复合杂合或纯合突变，其中一个变异是新发，另一个是从父母遗传的，那这个新发变异可以给PS2，但要注意该变异在隐性遗传中本身也可能只是致病风险因子。
- 忽略父母样本的嵌合体验证深度：我曾经有一个案例，父母外周血测序都没发现变异，深度也够。但后来用超高深度测序才发现父亲有3%的嵌合。那这个PS2就降到PM6了。
- PS1给在错义 vs 无义转换：如果已知致病变异是错义，新变异也是错义，就可以。但如果已知是错义，新变异是无义（终止密码子），那两者的蛋白层面效应完全不同，不能给PS1。
嗯，这些就是PS1和PS2的核心内容。实际解读时，这两个证据是高频使用的，但也是最容易被新手滥用或误用的。把基础打牢，组会时跟同事拿自己案例多盘两遍，慢慢就形成直觉了。