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Snakemake构建ADMET预测流水线实战

共计 30 章节
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01
ADMET预测概述与Snakemake简介
ADMET预测概述与Snakemake简… · 核心概念 · 实践要点
ADMETSnakemake
02
Snakemake安装与环境配置
Snakemake安装与环境配置 · 核心概念 · 实践要点
Snakemake安装
03
理解Snakefile结构
理解Snakefile结构 · 核心概念 · 实践要点
Snakefile理解
04
规则(rules)基础
规则(rules)基础 · 核心概念 · 实践要点
rules规则
05
输入输出文件定义
输入输出文件定义 · 核心概念 · 实践要点
输入输出文件定义重点
06
通配符(wildcards)的使用
通配符(wildcards)的使用 · 核心概念 · 实践要点
wildcards通配符
07
配置(config)与参数化
配置(config)与参数化 · 核心概念 · 实践要点
config配置
08
运行流水线
本地执行
运行流水线本地执行
09
作业提交与集群配置
作业提交与集群配置 · 核心概念 · 实践要点
作业提交集群配置
10
日志与调试
日志与调试 · 核心概念 · 实践要点
日志调试
11
环境管理
conda集成
环境管理conda
12
容器化
Singularity/Docker
容器化Singularity/…
13
报告生成
Snakemake报告
报告生成Snakemake
14
模块化设计
include与subworkflo…
模块化设计include
15
数据预处理
分子结构标准化
数据预处理分子结构标准化
16
描述符计算
RDKit集成
描述符计算RDKit
17
机器学习模型训练
机器学习模型训练 · 核心概念 · 实践要点
机器学习模型训练重点
18
模型评估与验证
模型评估与验证 · 核心概念 · 实践要点
模型评估验证
19
预测流水线集成
预测流水线集成 · 核心概念 · 实践要点
预测流水线集成重点
20
多任务并行处理
多任务并行处理 · 核心概念 · 实践要点
多任务并行处理重点
21
资源管理
内存与线程控制
资源管理内存
22
缓存与增量构建
缓存与增量构建 · 核心概念 · 实践要点
缓存增量构建
23
版本控制与可重现性
版本控制与可重现性 · 核心概念 · 实践要点
版本控制可重现性
24
错误处理与重试机制
错误处理与重试机制 · 核心概念 · 实践要点
错误处理重试机制
25
自定义函数与脚本集成
自定义函数与脚本集成 · 核心概念 · 实践要点
自定义函数脚本集成
26
结果汇总与可视化
结果汇总与可视化 · 核心概念 · 实践要点
结果汇总可视化
27
部署到HPC环境
部署到HPC环境 · 核心概念 · 实践要点
HPC部署到
28
测试与单元测试
测试与单元测试 · 核心概念 · 实践要点
测试单元测试
29
性能优化技巧
性能优化技巧 · 核心概念 · 实践要点
性能优化技巧重点
30
案例实战
完整ADMET预测流水线
案例实战ADMET