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Snakemake构建可复现生信工作流

共计 30 章节

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Snakemake简介

Snakemake起源 · 设计理念 · 与Make/Nextflow比较

Snakemake简介

工作流基础

规则(Rule)定义 · 输入输出文件 · 运行工作流

工作流基础Rule

通配符与动态文件

通配符概念 · 命名模式 · 动态文件名匹配

通配符动态文件

YAML配置文件 · 在Snakemake中读取配置 · 参数化工作流

配置文件YAML

日志与调试

日志记录 · 运行状态查看 · 调试技巧

Conda环境定义 · 自动创建环境 · 指定软件版本

环境管理Conda

使用Singularity/Dock… · 容器与conda结合

容器化Singularity/…

集群与HPC执行

提交作业到SLURM/PBS/LSF · 集群配置文件

内存 · CPU · 磁盘资源指定

资源管理内存

本地并行 · 多核心 · 组规则

并行执行本地并行

文件锁与可恢复性

断点续跑 · --unlock · 检查点(Checkpoints)

文件锁可恢复性

工作流模块化

使用include导入模块 · 模块化设计

工作流模块化include

多环境与分支

规则条件执行 · 选择输入路径

多环境分支

自动生成HTML报告 · 包含结果和图表

报告生成HTML

使用S3/云存储 · 远程文件访问

测试工作流

单元测试 · 集成测试 · 使用snakemake --test

测试工作流单元测试

版本控制集成

Git · Snakemake工作流版本管理

版本控制集成Git

可复现性 · 文件组织 · 命名约定

最佳实践可复现性

聚合规则 · 多点规则 · 合并规则

高级规则聚合规则

glob · expand函数 · 正则表达式

文件模式glob

可视化工作流依赖图 · dot图

工作流图可视化工作流依赖…

参数组合 · 多参数规则 · 用pandas扩展

参数空间参数组合

自定义函数

在Snakemake中使用Pytho… · Lambda表达式

自定义函数Snakemake

在Snakemake中调用R脚本 · 数据分析

借助RSnakemake

与生物信息学工具集成

bwa · samtools · bedtools等示例

生物信息学工具集…bwa

大规模数据分析

分块处理 · 并行化策略

大规模数据分析分块处理

工作流缓存

中间结果缓存 · 避免重复计算

工作流缓存间结果缓存

异常捕获 · 重试机制 · 故障恢复

错误处理异常捕获

持续集成/部署

CI/CD与Snakemake · 自动测试

持续集成部署

构建完整RNA-seq分析流程 · 从原始数据到表达矩阵

实战案例RNA-seq