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MaxQuant蛋白定量自动化Pipeline构建

共计 30 章节

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MaxQuant概述与应用场景

蛋白质组学定量 · MaxQuant优势 · 典型工作流

MaxQuant应用场景

MaxQuant安装与配置

下载 · 安装（Windows/Linux） · 环境变量

MaxQuant界面与基本操作

图形界面介绍 · 参数文件（mqpar.xml）的创建…

原始数据准备

质谱数据格式（raw · mzML） · 数据组织

原始数据准备raw

MaxQuant搜索参数详解

数据库选择 · 酶切 · 可变修饰

MaxQuant搜索参数详解

定量参数设置

Label-free定量 · TMT/iTRAQ定量 · LFQ

定量参数设置Label-free

命令行运行 · 图形界面运行 · 多线程设置

结果文件解析

evidence.txt · peptides.txt · proteinGroups.txt

结果文件解析evidence.txt

质量控制与结果评估

基于summary.txt的统计 · 污染蛋白检测 · 鉴定数量等

质量控制结果评估

自动化Pipeline概述

为什么需要自动化 · 常用脚本语言（Python/R/Sh… · Pipeline组成

Pipeline自动化

Python基础回顾

文件操作 · os模块 · subprocess模块

Python基础回顾

使用Python调用MaxQuant命令行

subprocess.run · 参数传递 · 错误处理

参数文件（mqpar.xml）的自动化生成

XML解析与生成（ElementTr… · 模板化 · 批量修改

mqpar.xml参数文件

批量处理多个样本

循环处理 · 并行与串行 · 资源管理

批量处理多个样本循环处理

结果文件自动提取与整理

读取evidence.txt等 · 用pandas进行合并 · 过滤

结果文件自动提取整理

质量控制报告自动生成

使用matplotlib/seabo… · 缺失值分布 · 变异系数

质量控制报告自动…matplotlib/s…

缺失值处理与数据填充

不同策略（零值填充 · 最小值填充 · KNN等）

缺失值处理数据填充

差异表达分析基础

t检验 · ANOVA · 倍数变化

差异表达分析基础t检验

差异表达分析自动化

整合定量结果与分组信息 · 自动计算p值 · 火山图绘制

差异表达分析自动…整合定量结果

结果报告自动生成

HTML报告模板（Jinja2） · PDF生成（reportlab/we… · Excel输出（openpyxl）

结果报告自动生成HTML

添加自定义分析模块

富集分析（蛋白功能注释） · GO/KEGG（通过API或本地数据…

添加自定义分析模…富集分析

使用Snakemake构建可复现Pipeline

Snakemake简介 · 规则编写 · 输入输出定义

SnakemakePipeline

Snakemake与MaxQuant集成

将MaxQuant步骤封装为Snak… · 参数化 · 集群调度（SLURM）

SnakemakeMaxQuant

使用Nextflow构建可扩展Pipeline

Nextflow基础 · 流程编写 · Docker/Singularity…

NextflowPipeline

Docker/Singularity容器化MaxQuant

制作包含MaxQuant的镜像 · 解决依赖 · 跨平台部署

Docker/Singu…MaxQuant

版本控制与协作

Git管理Pipeline代码 · 配置文件 · 数据文件（忽略大文件）

版本控制协作

性能优化与资源管理

内存 · CPU · 磁盘IO优化

性能优化资源管理

常见错误排查与调试

MaxQuant运行失败原因 · 脚本错误 · 日志分析

常见错误排查调试

从原始数据到差异蛋白列表的全自动化流…

实战案例从原始数据到差异…

课程总结与进一步学习

Pipeline扩展方向 · 社区资源 · 参考文献

课程总结进一步学习