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本课程属于：011-MaxQuant蛋白质组定量 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MaxQuant细胞样本蛋白定量流程构建

共计 30 章节
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01
课程简介与目标
本课程面向对象 · 学习目标 · 所需基础
课程简介目标
02
MaxQuant概述
MaxQuant的用途 · 发展历史 · 与Mascot/Sequest的比较
MaxQuant的用途
03
质谱数据基础
RAW文件格式 · MS1和MS2扫描 · 碎裂方式
质谱数据基础RAW
04
计算机系统要求
操作系统 · 内存 · CPU
计算机系统要求操作系统
05
下载与安装MaxQuant
官网获取 · 安装步骤 · 版本选择
MaxQuant下载
06
安装依赖环境
.NET Framework · Visual C++ Redistr…
安装依赖环境NET
07
Andromeda搜索引擎配置
内置搜索引擎原理 · 参数调整
Andromeda搜索引擎配置
08
蛋白质序列数据库准备
从UniProt下载目标物种fast…
蛋白质序列数据库…UniProt
09
构建decoy数据库
反向序列或伪随机 · 用于FDR控制
decoy构建
10
实验设计模板创建
描述实验分组 · 标记方法（LFQ · TMT
实验设计模板创建描述实验分组
11
RAW文件导入与管理
将原始数据放入项目文件夹
RAW文件导入
12
MaxQuant界面导航
主窗口 · 菜单 · 设置面板介绍
MaxQuant界面导航
13
全局参数设置（Global Parameters）
固定修饰 · 可变修饰 · 酶切特异性
GlobalParameters
14
分组参数设置（Group-specific Parameters）
多组实验的独立设置
Group-specif…Parameters
15
酶切特异性选择
Trypsin · LysC · GluC等
酶切特异性选择Trypsin
16
修饰设置
甲硫氨酸氧化 · 乙酰化 · 磷酸化等
修饰设置甲硫氨酸氧化
17
定量方法选择
LFQ（Label Free Qua… · TMT · SILAC的使用场景
定量方法选择LFQ
18
质谱匹配参数
质量容差 · 碎片离子匹配 · 肽段长度范围
质谱匹配参数质量容差
19
运行控制设置
CPU核心数 · 内存分配 · 线程数
运行控制设置CPU
20
启动分析与监控
开始运行 · 查看进度 · 日志解读
启动分析监控
21
结果文件总览
输出文件夹结构 · 主要结果文件介绍
结果文件总览输出文件夹结构
22
蛋白质鉴定结果解读
proteinGroups.txt文… · 筛选策略
蛋白质鉴定结果解…proteinGroup…
23
肽段鉴定结果解读
peptides.txt文件字段 · unique vs razor肽段
肽段鉴定结果解读peptides.txt
24
定量矩阵处理
LFQ intensity · iBAQ · MS/MS count
定量矩阵处理LFQ
25
质量控制指标
鉴定数量 · Mascot ion score · mass error分布
质量控制指标鉴定数量
26
数据过滤与缺失值处理
过滤低鉴定肽段 · 缺失值插补方法
数据过滤缺失值处理
27
差异表达分析基础
使用Perseus或其他工具进行统计…
差异表达分析基础Perseus
28
常见错误与解决方案
内存不足 · 数据库下载失败 · 修饰冲突
常见错误解决方案
29
性能优化建议
提高运行速度的技巧 · 并行计算设置
性能优化建议提高运行速度的技…
30
课程总结与进阶资源
推荐阅读 · 在线社区 · 下一步学习方向
课程总结进阶资源