VIP20

本课程属于：011-MaxQuant蛋白质组定量 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

MaxQuant数据库检索与修饰参数配置

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

MaxQuant的发展历程 · 核心功能 · 在蛋白质组学中的地位

MaxQuant安装与环境配置

Windows/Linux下的安装步… · 依赖环境（.NET Framewor… · Java）

MaxQuant界面概览

主窗口布局 · 菜单功能 · 参数面板

MaxQuant界面概览

原始数据导入

支持的质谱仪类型（Thermo Or… · Bruker · SCIEX等）

原始数据导入Thermo

实验设计参数

组别定义 · 样品分组 · 重复设置

实验设计参数组别定义

消化酶选择（Trypsin · LysC · ArgC等）

酶切参数Trypsin

固定修饰（Fixed modifications）

固定修饰的概念 · 常见固定修饰（Carbamidome… · TMT标记

Fixedmodification…

可变修饰（Variable modifications）

可变修饰的作用 · 常见可变修饰（氧化 (M) · 乙酰化 (K/N-term)

Variablemodification…

修饰参数深度解析

每类修饰的质量偏移 · 修饰位点特异性 · 最大修饰数目设置

修饰参数深度解析每类修饰的质量偏…

数据库搜索（Database search）

蛋白质序列数据库下载（UniProt · RefSeq · NCBI）

数据库参数设置

数据库文件路径 · 酶解规则匹配 · 肽段长度范围

数据库参数设置数据库文件路径

碎片离子类型

b/y离子 · a离子 · c/z离子

碎片离子类型b/y

假阳性控制（FDR）

目标-诱饵库方法 · 肽段FDR与蛋白FDR · 反向数据库生成

FDR假阳性控制

ID传递与匹配（Match between runs）

空间匹配原理 · 保留时间窗口设置 · 匹配质量阈值

定量参数设置

无标记定量（LFQ）的iBAQ · 强度归一化 · 最小肽段数要求

定量参数设置LFQ

标记定量参数（SILAC / TMT / iTRAQ）

SILAC通道设置 · 报告离子质量偏移 · 同位素纯净度校正

肽段与蛋白质过滤

最小肽段长度 · 唯一肽段数目 · 肽段谱图数要求

肽段蛋白质过滤

输出文件详解

evidence.txt · peptides.txt · proteinGroups.txt

输出文件详解evidence.txt

修饰定位概率（Modification Localization Probabi

Andromeda评分系统 · 位置概率计算 · Ascore类似方法

ModificationLocalization

结果可视化与质控

在MaxQuant中查看Spectr… · 质量误差分布 · 保留时间分布

结果可视化质控

常见错误与调试

任务中断 · 内存不足 · 数据库路径错误

常见错误调试

多项目同时分析与参数模板

保存/加载参数模板 · 从历史任务导入参数 · 批量处理不同实验设计

多项目同时分析参数模板

自定义数据库技巧

添加污染蛋白库（常见污染物如角质蛋白… · 编辑FASTA文件 · 添加修饰注释

自定义数据库技巧添加污染蛋白库

修饰数据库详解

Unimod数据库结构 · 修饰修饰质量与位点 · 自定义修饰条目的创建

修饰数据库详解Unimod

与下游工具对接

MaxQuant结果导入Perseu… · Skyline · MSstats

下游工具对接MaxQuant

性能优化策略

并行线程数设置 · 内存分配调整 · 数据库大小优化

性能优化策略并行线程数设置

跨平台使用技巧

Windows与Linux的兼容性差… · 命令行模式（MaxQuantCmd） · HPC集群提交脚本

跨平台使用技巧Windows

版本变迁与更新

MaxQuant 1.x到2.x的变… · 新修饰类型） · Andromeda引擎升级

版本变迁更新

磷酸化修饰分析：磷酸化肽段富集 · 可变修饰设置（Phospho (ST… · 定位概率评估

案例实战磷酸化修饰分析

TMT标记定量分析：TMT试剂选择 · 通道数设置 · 批量处理

案例实战TMT