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MaxQuant定量结果解析与差异蛋白可视化

共计 30 章节
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01
MaxQuant概述
MaxQuant发展历史 · 核心功能 · 在蛋白质组学中的地位
MaxQuant发展历史
02
环境搭建
Windows/Linux下MaxQ… · 依赖配置（.NET Framewor… · Mono）
环境搭建Windows/Linu…
03
原始数据准备
质谱仪器输出格式（RAW · mzXML · mzML）
原始数据准备RAW
04
MaxQuant界面介绍
主窗口布局 · 菜单栏 · 任务队列
MaxQuant界面介绍
05
参数设置（一）
全局参数——酶切 · 可变修饰 · 固定修饰
参数设置全局参数
06
参数设置（二）
物种数据库选择（UniProt · 自定义） · FDR控制（PSM水平
参数设置UniProt
07
参数设置（三）
定量类型（LFQ · SILAC · TMT/iTRAQ）
参数设置LFQ
08
运行搜索
作业提交 · 多线程设置 · 基于组效率优化
运行搜索作业提交
09
结果文件概览
输出目录结构 · 关键文件（evidence.txt · peptides.txt
结果文件概览输出目录结构
10
evidence.txt解读
MS/MS扫描信息 · 保留时间 · 母离子m/z
evidence.txt解读
11
peptides.txt解读
唯一肽段 · 序列长度 · 修饰类型
peptides.txt解读
12
proteinGroups.txt解读
蛋白质组分组 · 唯一肽段数 · 序列覆盖度
proteinGroup…解读
13
质量控制与数据过滤
基于contaminants去除 · 反库匹配去除 · 最小肽段数过滤
质量控制数据过滤
14
数据标准化与归一化
LFQ归一化原理 · SILAC比值归一化 · TMT内参校准
数据标准化归一化
15
差异表达分析基础
统计方法选择（t检验 · ANOVA · Limma）
差异表达分析基础统计方法选择
16
火山图制作
原理 · 绘制方法（R ggplot2 · Python matplotlib）
火山图制作原理
17
热图与聚类分析
表达矩阵缩放 · 层次聚类 · 列/行注释
热图聚类分析
18
主成分分析（PCA）
数据降维 · PCA图解读 · 载荷图
PCA主成分分析
19
蛋白质筛选与列表导出
基于显著性和倍数变化筛选 · 交集/并集 · Ven图绘制
蛋白质筛选列表导出
20
GO富集分析
基因本体分类 · Fisher精确检验 · 富集图（条形图
GO富集分析
21
KEGG通路富集
通路数据库映射 · 富集结果可视化 · 通路图（R pathview
KEGG通路富集
22
蛋白质互作网络
STRING数据库查询 · 网络图绘制（Cytoscape · networkx）
蛋白质互作网络STRING
23
多组学整合基础
蛋白质组与转录组 · 代谢组联合分析 · 桑基图
多组学整合基础蛋白质组
24
时间序列数据分析
滑动窗口 · 趋势聚类 · Mfuzz
时间序列数据分析滑动窗口
25
修饰组学分析（PTM）
磷酸化/乙酰化位点鉴定 · 定位概率 · Motif分析
PTM修饰组学分析
26
批次效应校正
原因识别 · ComBat · Limma removeBatchE…
批次效应校正原因识别
27
统计检验进阶
多重假设校正 · FDR q-value · SAM
统计检验进阶多重假设校正
28
自动化报告生成
R Markdown/Quarto管… · Python Jupyter Rep… · 模板化图表输出
自动化报告生成Markdown/Qua…
29
常见问题与调试
内存溢出 · 搜索失败 · 结果不一致
常见问题调试
30
案例实战
从原始数据到发表级图表——完整流程演… · 结果解读与论文图表制作
案例实战从原始数据到发表…