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临床样本MaxQuant定量项目案例

共计 30 章节
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01
临床蛋白质组学定量概述
临床蛋白质组学定量概述 · 核心概念 · 实践要点
临床蛋白质组学定…重点
02
MaxQuant软件介绍与安装
MaxQuant软件介绍与安装 · 核心概念 · 实践要点
MaxQuant软件介绍
03
实验设计
临床样本分组与标记策略
实验设计临床样本分组
04
样本前处理
蛋白提取 · 酶切 · 脱盐
样本前处理蛋白提取
05
LC-MS/MS数据采集参数设置
LC-MS/MS数据采集参数设置 · 核心概念 · 实践要点
LC-MS/MS数据采集参数设置
06
原始数据格式与MaxQuant支持格式
原始数据格式与MaxQuant支持格式 · 核心概念 · 实践要点
MaxQuant原始数据格式
07
MaxQuant配置文件详解
mqpar.xml
MaxQuant配置文件详解
08
数据库检索
UniProt下载与定制
数据库检索UniProt
09
固定修饰与可变修饰设置
固定修饰与可变修饰设置 · 核心概念 · 实践要点
固定修饰可变修饰设置
10
酶切规则选择
Trypsin/P等
酶切规则选择Trypsin/P
11
定量方法
LFQ · TMT · iTRAQ选择
定量方法LFQ
12
LFQ定量原理与参数优化
LFQ定量原理与参数优化 · 核心概念 · 实践要点
LFQ定量原理
13
TMT定量原理与参数设置
TMT定量原理与参数设置 · 核心概念 · 实践要点
TMT定量原理
14
MaxQuant运行
多核并行与内存配置
MaxQuant运行
15
结果文件解读
evidence.txt · proteinGroups.txt等
结果文件解读evidence.txt
16
质量控制
内标 · 重复性 · 缺失值
质量控制内标
17
数据归一化方法
数据归一化方法 · 核心概念 · 实践要点
数据归一化方法重点
18
缺失值填充策略
缺失值填充策略 · 核心概念 · 实践要点
缺失值填充策略重点
19
差异表达蛋白筛选（t-test、ANOVA）
差异表达蛋白筛选（t-test · 核心概念 · 实践要点
t-testANOVA
20
火山图与热图可视化
火山图与热图可视化 · 核心概念 · 实践要点
火山图热图可视化
21
GO与KEGG富集分析
GO与KEGG富集分析 · 核心概念 · 实践要点
GOKEGG
22
蛋白质相互作用网络构建
蛋白质相互作用网络构建 · 核心概念 · 实践要点
蛋白质相互作用网…重点
23
临床生物标志物发现流程
临床生物标志物发现流程 · 核心概念 · 实践要点
临床生物标志物发…重点
24
案例
肿瘤组织样本定量比较
案例肿瘤组织样本定量…
25
案例
血浆/血清样本定量
案例血浆
26
案例
尿液外泌体蛋白组学
案例尿液外泌体蛋白组…
27
多批数据整合与批次效应校正
多批数据整合与批次效应校正 · 核心概念 · 实践要点
多批数据整合批次效应校正
28
统计建模
机器学习在蛋白组学中的应用
统计建模机器学习
29
结果验证
PRM/MRM靶向验证
结果验证PRM/MRM
30
论文发表标准与数据共享（PRIDE/PeptideAtlas）
论文发表标准与数据共享（PRIDE/Pe… · 核心概念 · 实践要点
PRIDE/Peptid…论文发表标准