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Nextflow药物发现工作流构建与扩展

共计 30 章节
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01
Nextflow入门
安装 · 环境变量 · hello world示例
Nextflow安装
02
Nextflow核心概念
进程 · 通道 · 工作流
Nextflow核心概念
03
通道详解
值通道 · 队列通道 · 文件通道
通道详解值通道
04
进程与任务
定义进程 · 输入输出 · 脚本块
进程任务
05
工作流组织
workflow块 · 调用模块 · 参数传递
工作流组织workflow
06
模块化开发
模块定义 · 参数化 · 复用与发布
模块化开发模块定义
07
配置文件管理
nextflow.config · 作用域 · 参数覆盖
配置文件管理nextflow.con…
08
容器化
Docker集成 · Singularity集成 · 最佳实践
容器化Docker
09
Conda集成
环境定义 · channel管理 · 依赖锁定
Conda集成
10
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · onError
错误处理重试
11
资源管理
cpus · memory · time
资源管理cpus
12
执行器
本地 · SLURM · PBS
执行器本地
13
AWS Batch实战
设置 · 任务定义 · S3存储
AWSBatch
14
数据管理
文件通道 · publishDir · 动态文件名
数据管理文件通道
15
参数化输入
参数文件 · JSON/YAML · 参数优先级
参数化输入参数文件
16
日志与监控
trace报告 · 自定义日志 · .nextflow.log解析
日志监控
17
测试与调试
单元测试（nf-test） · debug模式 · mock数据
测试调试
18
版本控制
工作流版本 · Git集成 · CI/CD（GitHub Actio…
版本控制工作流版本
19
药物发现管线概述
流程 · 工具 · 数据源
药物发现管线概述流程
20
分子对接集成
Rdock/AutoDock Vin… · 参数调优
分子对接集成Rdock/AutoDo…
21
ADMET预测集成
SwissADME/ADMETlab… · 聚合结果
ADMET预测集成
22
分子动力学模拟集成
GROMACS/Amber进程 · 轨迹处理
分子动力学模拟集…GROMACS/Ambe…
23
并行化优化
多任务分发 · MPI支持 · GPU使用
并行化优化多任务分发
24
中间结果缓存
stageInMode · cache机制 · 增量运行
间结果缓存stageInMode
25
混合工作流
调用Python/R脚本 · 自定义报告生成
混合工作流Python/R
26
元数据跟踪
样本信息 · 版本记录 · Provenance
元数据跟踪样本信息
27
可视化
DAG图 · 报告 · Dashboard（MultiQC）
可视化DAG
28
生产部署
环境标准化 · 权限控制 · 定期执行（Cron）
生产部署环境标准化
29
常见问题与解决
资源耗尽 · 文件冲突 · 版本兼容
常见问题解决
30
案例实战
从分子库筛选到候选化合物全流程
案例实战从分子库筛选到候…