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Nextflow流程优化与靶点筛选

共计 30 章节
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01
Nextflow简介
发展历程 · 核心概念 · 应用场景与安装配置
Nextflow简介
02
工作流基础
DSL2语法 · process定义 · channel与数据流
工作流基础DSL2
03
流程编写实战
输入输出 · 参数 · 脚本与运行
流程编写实战输入输出
04
模块化设计
模块定义 · 引用 · 参数化与复用
模块化设计模块定义
05
容器化支持
Docker/Singularity…
容器化支持Docker/Singu…
06
资源管理与调度
executor配置（local · SLURM · AWS Batch等）
资源管理调度
07
流程优化
缓存机制 · checkpoint · 重新运行策略
流程优化缓存机制
08
并行化技巧
map · flatMap · groupTuple
并行化技巧map
09
错误处理与重试
error strategy · retry · maxRetries
错误处理重试
10
日志与监控
trace · report · timeline
日志监控
11
参数化配置
nextflow.config文件与…
参数化配置nextflow.con…
12
条件分支与流程控制
if/else · choice · switch
条件分支流程控制
13
子流程与嵌套
workflow嵌套 · module调用
子流程嵌套
14
自定义函数与Groovy集成。
自定义函数与Groovy集成 · 核心概念 · 实践要点
Groovy自定义函数
15
大规模数据处理
分批处理 · 文件分片 · S3/云存储
大规模数据处理分批处理
16
性能调优
内存 · CPU · I/O优化策略
性能调优内存
17
靶点筛选概述
从测序数据到候选靶点的全流程
靶点筛选概述从测序数据到候选…
18
质控与预处理
FastQC · Trimmomatic · MultiQC
质控预处理
19
比对与定量
STAR · HISAT2 · Salmon
比对定量
20
差异表达分析
DESeq2 · edgeR · limma流程整合
差异表达分析DESeq2
21
突变检测
GATK最佳实践 · Mutect2 · Strelka
突变检测GATK
22
功能富集分析
GO · KEGG · GSEA
功能富集分析GO
23
蛋白质-药物对接筛选
AutoDock Vina · PyRx
蛋白质药物对接筛选
24
整合多组学数据
转录组+蛋白质组+代谢组联合分析
整合多组学数据转录组+蛋白质组…
25
机器学习在靶点筛选中的应用
随机森林 · XGBoost
机器学习靶点筛选
26
流程优化案例
大规模RNA-seq分析流程加速
流程优化案例RNA-seq
27
流程优化案例
WGS变异检测流程资源调优
流程优化案例WGS
28
流程测试与调试
nf-test · 单元测试
流程测试调试
29
流程发布与共享
GitHub · nf-core模板 · Bioconda
流程发布共享
30
Nextflow高级特性
operator · dynamic path · publishDir定制
Nextflow高级特性