2. MaxQuant安装与配置
写代码的都知道，环境搭建没弄好，后面全是坑。MaxQuant 虽然是图形界面软件，但它背后依赖了 .NET 和 Java，还分 Windows 和 Linux 两套玩法。这一章我带你从头到尾把它装稳。
2.1 去哪下载？别下到山寨版
我个人习惯直接从官方源头拿。MaxQuant 的发布页面在 GitHub 上：
https://github.com/MaxQuant/MaxQuant/releases你找最新版本，这里注意，MaxQuant_x64.exe 是 Windows 安装包，MaxQuant_x64.tar.gz 是 Linux 的压缩包。我见过有人把 Windows 的 exe 拖到 Linux 上跑，结果报错半天才发现下错了版本。嗯，认准文件名。
| 系统 | 下载文件 | 类型 |
|---|---|---|
| Windows 10/11 (64-bit) | MaxQuant_x64.exe |
安装程序 |
| Linux (x86_64) | MaxQuant_x64.tar.gz |
压缩包 |
| macOS | 官方不提供原生包，建议虚拟机 | — |
2.2 Windows 安装：一路 Next 但别真的一路 Next
双击那个 exe，安装向导弹出来。大部分选项保持默认就行，但有两个地方我建议你改掉：
- 安装路径：别用 Program Files，容易权限报错。我习惯放在
C:\Tools\MaxQuant - 添加环境变量：安装时有个复选框「Add MaxQuant to PATH」，一定要勾上。后面你要在命令行里调
maxquant命令。
装完检查一下：
C:> maxquant --version
MaxQuant 2.6.0.0如果报「不是内部或外部命令」，那就是 PATH 没加上。手动补一下就好，后面环境变量节会讲。
2.3 Linux 安装：解压 + 软链接，别偷懒
Linux 上不依赖图形安装器，但要注意依赖。先把压缩包解压：
tar -xzf MaxQuant_x64.tar.gz
sudo mv MaxQuant /opt/
# 创建软链接方便调用
sudo ln -s /opt/MaxQuant/maxquant /usr/local/bin/maxquant这时你运行 maxquant --version 应该能看见版本号。我一开始偷懒没做软链接，每次都要用绝对路径，烦得很。
sudo apt update
sudo apt install mono-complete openjdk-11-jdkyum install mono-complete java-11-openjdk
2.4 环境变量：让系统知道你在哪
说白了就是告诉系统「MaxQuant 的可执行文件放在哪里」。不管 Windows 还是 Linux，环境变量配不对，后面自动化脚本就找不到程序。
Windows 手动配置
# 打开系统环境变量 → 新建系统变量
变量名: MAXQUANT_HOME
变量值: C:\Tools\MaxQuant
# 在 PATH 里追加
%MAXQUANT_HOME%然后重启命令行，输入 maxquant --help 应该能看到帮助信息。有一次我在 Win10 上改了环境变量但没重启终端，查了半天才意识到是会话没刷新……这坑你注意一下。
Linux 的 ~/.bashrc 写法
echo 'export MAXQUANT_HOME=/opt/MaxQuant' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH=$PATH:$MAXQUANT_HOME' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc验证：
$ which maxquant
/usr/local/bin/maxquant
$ maxquant --version
MaxQuant 2.6.0.02.5 必要组件：.NET 和 Java，缺一不可
MaxQuant 内部用 C# 写的主程序，Java 用来跑一些命令行工具（比如 Thermo 的 RawFileReader）。两者版本都有硬性要求。
| 组件 | 最低版本 | 推荐版本 | 检查命令 |
|---|---|---|---|
| .NET / Mono | 7.0 | 8.0 | dotnet --infoWindows 可用 dotnet --version |
| Java (JDK) | 11 | 17 LTS | java -version |
Windows 直接去微软官网下载 .NET 8.0 SDK，安装时勾选「添加至 PATH」。
Java 推荐用 Amazon Corretto 17，无广告、长期支持。
装完后
dotnet --list-sdks 可以确认是否有多个版本，MaxQuant 会自动选最新版。
2.6 验证安装：跑一个小测试
我习惯用一条最轻量的命令确认整个链路是否打通：
# 生成一个最小的测试配置文件
maxquant --config-test如果没有任何错误输出，说明 .NET、Java、环境变量全部就位。如果有报错，按我经验 90% 是下面几种：
- dotnet not found → .NET 没装或 PATH 没配置
- java: No such file or directory → Java 版本不对或没安装
- libmono-xxx.so.0: cannot open shared object file → Linux 缺少 Mono 依赖，运行
sudo apt install mono-complete
2.7 一张图看清安装流程
这张图把完整流程串起来了。你照着走，基本上半小时能搞定。我记得第一次给实验室服务器装的时候，卡在 Linux 的 Mono 依赖上，后来发现是 Ubuntu 20.04 官方源里的 Mono 版本太旧，换了 Mono 官网的源才解决。这种破事儿经历多了，你也会慢慢熟练起来。
2.8 避坑清单（我自己踩过的）
- Windows 上不要装到 Program Files — 权限问题导致无法写入临时文件，换成
C:\Tools\ - Linux 上解压后直接运行 maxquant 报错 libc.so.6 — 系统 glibc 版本低，升级或使用容器
- Java 装了个 JRE 而没装 JDK — MaxQuant 内部需要
javac编译一些临时脚本，JRE 不行 - .NET SDK 安装后没重启 IDE — VS Code 里的终端可能还是旧 PATH，重新开一个