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Pfam与BLAST联合注释策略指南

共计 30 章节
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01
课程概述
Pfam与BLAST在功能注释中的作…
课程概述Pfam
02
序列数据库基础
UniProt · RefSeq与NR数据库介绍
序列数据库基础UniProt
03
Pfam数据库详解
蛋白家族 · 域 · HMM模型与版本历史
Pfam数据库详解
04
BLAST算法原理
评分矩阵 · E-value · 比对统计
BLAST算法原理
05
本地BLAST安装与基本使用
构建索引 · blastp/blastx
BLAST本地
06
在线BLAST服务
NCBI BLAST与EMBL-EB…
BLAST服务
07
HMMER工具安装与配置
比BLAST更敏感的域搜索
HMMER工具安装
08
HMMER常用命令
hmmscan · hmmsearch · phmmer
HMMER常用命令
09
Pfam数据库本地化
下载Pfam-A.hmm · 构建HMM索引
Pfam数据库本地化
10
BLAST结果解析
格式化输出 · 提取最佳匹配 · 过滤低质量
BLAST结果解析
11
HMMER结果解析
比对得分（score） · 独立E-value · 条件E-value
HMMER结果解析
12
联合注释策略一
BLAST初筛 + HMMER确认
联合注释策略一BLAST
13
联合注释策略二
多个BLAST结果与多个Pfam家族…
联合注释策略二BLAST
14
Biopython与BLAST
调用本地BLAST · 解析XML结果
BiopythonBLAST
15
Biopython与HMMER
执行hmmscan · 解析tblout/domtblout
BiopythonHMMER
16
批量序列注释流程
从FASTA文件到结构化注释表格
批量序列注释流程FASTA
17
注释结果评估
灵敏度 · 特异性 · 假阳性与假阴性分析
注释结果评估灵敏度
18
多序列比对与HMM构建
hmmalign · hmmbuild实践
HMM多序列比对
19
自定义HMM库
从已注释序列构建专属家族模型
HMM自定义
20
基因家族进化分析
BLAST推断直系同源 · Pfam验证域保守性
基因家族进化分析BLAST
21
病原微生物耐药基因注释
BLAST找同源 · Pfam确认功能域
病原微生物耐药基…BLAST
22
大规模基因组注释流水线
并行化BLAST与HMMER任务
大规模基因组注释…BLAST
23
Shell脚本自动化
参数设置 · 结果合并 · 日志记录
Shell脚本自动化
24
Python与数据可视化
绘制域架构图 · 覆盖度热图
Python数据可视化
25
Web服务与API实战
InterProScan · CD-Search调用
WebAPI
26
注释结果存储
SQLite/CSV格式 · 便于下游分析
注释结果存储SQLite/CSV
27
跨物种比较注释
BLAST搜索后Pfam域分布差异
跨物种比较注释BLAST
28
常见错误排查
E-value阈值选择 · 数据库版本冲突
常见错误排查E-value
29
实用案例一
植物抗病基因R蛋白注释
实用案例一植物抗病基因R蛋…
30
实用案例二
微生物组中酶家族的分布与丰度
实用案例二微生物组