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本课程属于：003-单细胞与空间组学分析工程 生命科学与数字医疗 · 共 13 门相关课程，组合学习更完整。
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Seurat单细胞聚类分析入门教程

共计 30 章节
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01
单细胞RNA测序技术简介
原理 · 发展与主要应用场景
RNA单细胞
02
单细胞数据分析流程概述
从原始数据到生物学解释的完整链条
单细胞数据分析流…从原始数据到生物…
03
Seurat包简介、安装与加载
R包管理 · 依赖环境配置
Seurat包简介
04
数据读取
支持10X Genomics · Smart-seq2等格式的读入方法
数据读取Genomics
05
创建Seurat对象与质控指标计算
CreateSeuratObject · nCount_RNA · nFeature_RNA
Seurat创建
06
质量控制
过滤低质量细胞和基因 · 基于线粒体/核糖体比例
质量控制过滤低质量细胞
07
数据归一化
LogNormalize方法原理与实…
数据归一化LogNormalize
08
特征选择
高变基因（HVG）识别与可视化（Va…
特征选择HVG
09
数据尺度化与PCA降维
ScaleData与RunPCA
PCA数据尺度化
10
确定有效维度
ElbowPlot与JackStra…
确定有效维度ElbowPlot
11
聚类分析
基于图聚类的Louvain/Leid… · FindClusters
聚类分析Louvain/Leid
12
非线性降维可视化
UMAP与t-SNE的原理与调参
非线性降维可视化UMAP
13
寻找簇标记基因
FindAllMarkers与Fin…
寻找簇标记基因FindAllMarke…
14
标记基因可视化
VlnPlot · FeaturePlot · RidgePlot
标记基因可视化VlnPlot
15
细胞类型注释
基于已知标记基因的手动注释方法
细胞类型注释基于已知标记基因…
16
差异表达分析
不同条件间比较的统计方法与结果解读
差异表达分析不同条件间比较的…
17
功能富集分析
GO · KEGG通路富集工具集成与可视化
功能富集分析GO
18
整合分析（批校效应去除）
CCA · MNN · Harmony等方法对比
整合分析批校效应去除
19
整合分析实战
多个样本/条件数据联合分析与标注
整合分析实战多个样本
20
细胞周期评分与回归
CellCycleScoring与回…
细胞周期评分回归
21
轨迹推断分析
monocle与Seurat结合进行…
轨迹推断分析monocle
22
基因调控网络分析
SCENIC等工具在Seurat数据…
基因调控网络分析SCENIC
23
空间转录组分析
Seurat处理Visium · ST数据流程
空间转录组分析Seurat
24
双细胞识别与去除
DoubletFinder等工具集成
双细胞识别去除
25
免疫细胞细分分析
T细胞 · B细胞 · NK细胞亚群识别
免疫细胞细分分析T细胞
26
肿瘤单细胞分析常见问题
异质性 · 微环境 · 克隆演化
肿瘤单细胞分析常…异质性
27
自定义分析流程与函数编写
扩展Seurat功能
自定义分析流程函数编写
28
结果可视化设计
热图 · 气泡图 · 小提琴图的定制化
结果可视化设计热图
29
大型数据集优化与并行计算
内存管理 · Future框架等
大型数据集优化并行计算
30
Seurat新特性
v5多模态分析 · SCTv2 · 3D可视化等前沿技术
Seurat新特性