VIP13

本课程属于：003-单细胞与空间组学分析工程 生命科学与数字医疗 · 共 13 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

空间转录组批次质控入门到实战

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

空间转录组概述

技术原理 · 常见平台（10x Visium · Slide-seq

空间转录组概述技术原理

数据格式入门

HDF5 · h5ad · mtx

数据格式入门HDF5

R与Python双栈配置 · Seurat · Scanpy

环境搭建Python

读入空间数据

10x Visium标准流程 · 读取spatial目录 · 创建Seurat/AnnData对象

读入空间数据Visium

空间质控基础

nCount · nFeature · percent.mt

空间质控基础nCount

空间特异性质控

组织边界检测 · spot覆盖度 · 图像配准质量

空间特异性质控组织边界检测

手动过滤低质量spot

基于表达量 · 线粒体比例 · 视觉检查的综合决策

spot手动过滤低质量

批次效应概念

定义来源（试剂批次 · 测序深度 · 实验日期

批次效应概念定义来源

识别批次效应

散点图 · 箱线图 · PCA/UMAP着色

识别批次效应散点图

标准化方法

LogNormalize · SCTransform · PP.normalize_total…

标准化方法LogNormalize

Seurat整合流程（CCA）

FindIntegrationAnc… · IntegrateData原理与参数

Harmony批次校正

RunHarmony · HarmonyMatrix · 多切片联合降维

Harmony批次校正

MNN校正（scanpy）

bbknn · mnn_correct原理与实战

深度学习整合

scVI/scANVI架构 · 训练与嵌入提取 · 批次标签设

深度学习整合scVI/scANVI

空间特定整合

Seurat的SpatialFeat… · Squidpy的批次处理

空间特定整合Seurat

两个Visium切片批次质控——从读…

实战案例1Visium

四个切片批次校正——Harmony与…

实战案例2Harmony

不同技术平台整合（Visium +…

实战案例3Visium

批次效应评估指标

kBET · LISI · iLISI

批次效应评估指标kBET

可视化批次效应

UMAP按批次着色 · 批次混合度热图 · KNN图

可视化批次效应UMAP

降维后clustering验证

批次标签在cluster中的分布 · 差异基因一致性

clustering降维后

质控报告自动化

自定义函数生成HTML/PDF报告（…

质控报告自动化HTML/PDF

过校正（丢失生物差异） · 欠校正（残留批次效应） · 批次与生物学混杂

常见陷阱过校正

校正强度 · K值 · 学习率等超参数选择实战

参数调优校正强度

空间变量基因（SVG）与批次效应

HVG与SVG在整合前后的变化

SVG空间变量基因

多切片下游分析

差异表达 · 细胞类型注释 · 空间区域识别中的批次影响

多切片下游分析差异表达

大样本质控策略

h5ad合并 · 内存管理 · 分区处理

大样本质控策略h5ad

工具链兼容性

Seurat v4/v5 · Scanpy 1.9+ · Python 3.10+版本注意事项

工具链兼容性Seurat

报错常见原因（维度不匹配 · 标签错误 · GPU内存不足）及解决

疑难解答报错常见原因

总结与最佳实践

全流程检查清单 · 质控标准建议 · 未来方向（多模态整合）

最佳实践全流程检查清单