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单细胞RNA-seq数据预处理实战指南

共计 30 章节
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01
单细胞RNA-seq技术原理与实验流程简介
单细胞RNA-seq技术原理与实验流程简… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq单细胞
02
公共数据集下载（GEO、ArrayExpress、SRA）
公共数据集下载（GEO · 核心概念 · 实践要点
GEOArrayExpress
03
Linux基础与服务器环境配置
Linux基础与服务器环境配置 · 核心概念 · 实践要点
Linux服务器环境配置
04
单细胞数据预处理工具概述（Cell Ranger、STARsolo、Alevin
单细胞数据预处理工具概述（Cell Ra… · 核心概念 · 实践要点
CellRanger
05
Cell Ranger安装与配置
Cell Ranger安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
CellRanger
06
参考基因组及注释文件下载与构建
参考基因组及注释文件下载与构建 · 核心概念 · 实践要点
参考基因组注释文件下载
07
FASTQ文件质量控制
FastQC与MultiQC
FASTQ文件质量控制
08
原始数据过滤
Trimmomatic或cutada…
原始数据过滤Trimmomatic
09
细胞条形码与UMI提取
细胞条形码与UMI提取 · 核心概念 · 实践要点
UMI细胞条形码
10
比对
STAR或Cell Ranger内置…
比对STAR
11
定量
产生基因-细胞表达矩阵
定量产生基因
12
Cell Ranger输出结果解析
web_summary · metrics等
CellRanger
13
使用Seurat读取10X数据（Read10X）
使用Seurat读取10X数据（Read… · 核心概念 · 实践要点
SeuratRead10X
14
创建Seurat对象与质量控制指标
创建Seurat对象与质量控制指标 · 核心概念 · 实践要点
Seurat创建
15
双细胞去除
DoubletFinder或Scru…
双细胞去除DoubletFinde…
16
过滤低质量细胞与基因
过滤低质量细胞与基因 · 核心概念 · 实践要点
过滤低质量细胞基因
17
标准化
LogNormalize与SCTra…
标准化LogNormalize
18
高变基因选择（FindVariableFeatures）
高变基因选择（FindVariableF… · 核心概念 · 实践要点
FindVariable…高变基因选择
19
数据缩放与PCA降维
数据缩放与PCA降维 · 核心概念 · 实践要点
PCA数据缩放
20
批次校正方法
Harmony · CCA · RPCA等
批次校正方法Harmony
21
统一流形逼近与投影（UMAP）
统一流形逼近与投影（UMAP） · 核心概念 · 实践要点
UMAP统一流形逼近
22
聚类分析（FindClusters）
聚类分析（FindClusters） · 核心概念 · 实践要点
FindClusters聚类分析
23
标记基因识别（FindAllMarkers）
标记基因识别（FindAllMarker… · 核心概念 · 实践要点
FindAllMarke…标记基因识别
24
细胞类型自动注释
SingleR · CellTypist
细胞类型自动注释SingleR
25
手动注释与验证
手动注释与验证 · 核心概念 · 实践要点
手动注释验证
26
整合分析
整合多个样本/条件
整合分析整合多个样本
27
差异表达分析
FindMarkers与MAST
差异表达分析FindMarkers
28
富集分析
GO · KEGG
富集分析GO
29
结果可视化
FeaturePlot · DotPlot · Heatmap
结果可视化FeaturePlot
30
数据预处理全流程总结与报告生成
数据预处理全流程总结与报告生成 · 核心概念 · 实践要点
数据预处理全流程…报告生成