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多模态整合：scRNA空间转录组案例

共计 30 章节
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01
课程介绍
scRNA-seq与空间转录组技术概… · 多模态整合的意义
课程介绍scRNA-seq
02
环境搭建
Python/R包安装（Scanpy · Seurat · Squidpy
环境搭建Python/R
03
数据获取
公共数据库（GEO · 10X Genomics · Spatial Transcript…
数据获取GEO
04
scRNA-seq数据读取与质量控制（filtering、doublet det
scRNA-seq数据读取与质量控制（f… · 核心概念 · 实践要点
scRNA-seqfiltering
05
scRNA-seq标准化与高变基因选择
scRNA-seq标准化与高变基因选择 · 核心概念 · 实践要点
scRNA-seq标准化
06
scRNA-seq降维（PCA、t-SNE、UMAP）
scRNA-seq降维（PCA · 核心概念 · 实践要点
scRNA-seqPCA
07
scRNA-seq聚类与细胞类型注释（Louvain、Leiden、marker
scRNA-seq聚类与细胞类型注释（L… · 核心概念 · 实践要点
scRNA-seqLouvain
08
空间转录组数据读取与质量控制（spot、barcode、图像对齐）
空间转录组数据读取与质量控制（spot · 核心概念 · 实践要点
spotbarcode
09
空间转录组标准化与降维
空间转录组标准化与降维 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组标准化降维
10
空间转录组聚类与可视化（H&E染色叠加、空间特征图）
空间转录组聚类与可视化（H&E染色叠加 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组聚类可视化
11
单细胞与空间转录组整合方法概览（标签转移、联合嵌入、空间映射）
单细胞与空间转录组整合方法概览（标签转移 · 核心概念 · 实践要点
单细胞空间转录组整合方…
12
标签转移
利用scRNA-seq注释空间spo… · SingleR）
标签转移scRNA-seq
13
Seurat整合
CCA与FindIntegratio…
Seurat整合
14
Harmony整合
快速批次校正与联合降维
Harmony整合
15
Scanorama整合
基于匹配的整合策略
Scanorama整合
16
scVI
基于变分自编码器的深度整合方法
scVI基于变分自编码器…
17
stLearn
结合基因表达与空间位置的整合方法
stLearn结合基因表达
18
空间基因表达模式识别（SpatialDE、SPARK、Trendsceek）
空间基因表达模式识别（SpatialDE · 核心概念 · 实践要点
SpatialDESPARK
19
空间区域/生态型识别（BayesSpace、Louvain on spatial
空间区域/生态型识别（BayesSpac… · 核心概念 · 实践要点
BayesSpaceLouvain
20
细胞-细胞相互作用分析（CellChat、NicheNet、LIANA）
细胞-细胞相互作用分析（CellChat · 核心概念 · 实践要点
CellChatNicheNet
21
空间配体-受体分析（spatial communication patterns
空间配体-受体分析（spatial co… · 核心概念 · 实践要点
spatialcommunicatio…
22
差异表达分析（FindMarkers、pseudobulk、DESeq2）
差异表达分析（FindMarkers · 核心概念 · 实践要点
FindMarkerspseudobulk
23
功能富集分析（GO、KEGG、GSEA）
功能富集分析（GO、KEGG、GSEA） · 核心概念 · 实践要点
GOKEGG
24
轨迹推断与空间轨迹（scVelo、Palantir、Slingshot）
轨迹推断与空间轨迹（scVelo · 核心概念 · 实践要点
scVeloPalantir
25
空间转录组与病理区域关联分析（肿瘤微环境、组织层级）
空间转录组与病理区域关联分析（肿瘤微环境 · 核心概念 · 实践要点
空间转录组病理区域关联分析
26
多模态数据降维与可视化（WNN、MOFA+、MultiVI）
多模态数据降维与可视化（WNN · 核心概念 · 实践要点
WNNMOFA+
27
实战案例
人类乳腺癌多模态整合（scRNA +…
实战案例scRNA
28
实战案例
小鼠脑多模态整合（MERFISH +…
实战案例MERFISH
29
实战案例
肿瘤微环境空间分析（免疫细胞浸润 · 配体受体）
实战案例肿瘤微环境空间分…
30
总结与展望
多模态整合在精准医学中的应用前景
多模态整合精准医学