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RNA-seq差异分析完整流程构建指南

共计 30 章节
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01
RNA-seq概述
技术原理 · 应用场景与实验设计
RNA-seq技术原理
02
测序数据格式与质量控制
FastQ格式 · FastQC · MultiQC
测序数据格式质量控制
03
原始数据预处理
Trimmomatic/Trim G…
原始数据预处理Trimmomatic/…
04
比对工具选择
STAR vs Hisat2 vs…
比对工具选择STAR
05
使用STAR进行比对及生成SAM/BAM文件
使用STAR进行比对及生成SAM/BAM… · 核心概念 · 实践要点
STARSAM/BAM
06
比对结果评估
统计比对率 · 查看基因覆盖度
比对结果评估统计比对率
07
表达定量
featureCounts与HTSe…
表达定量featureCount…
08
转录本定量与无比对定量方法（Salmon, Kallisto）
转录本定量与无比对定量方法（Salmon · 核心概念 · 实践要点
SalmonKallisto
09
构建表达矩阵
合并样本 · 基因注释与ID转换
构建表达矩阵合并样本
10
数据预处理
log2转换 · 标准化方法（TPM · FPKM
数据预处理log2
11
差异表达分析基础
统计原理与多重假设检验校正
差异表达分析基础统计原理
12
使用DESeq2进行差异表达分析
输入数据 · 设计公式 · 结果提取
DESeq2使用
13
DESeq2结果解读
MA图 · Volcano图 · PCA分析
DESeq2结果解读
14
使用edgeR进行差异表达分析
使用edgeR进行差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
edgeR使用
15
使用limma-voom进行差异表达分析
使用limma-voom进行差异表达分析 · 核心概念 · 实践要点
limma-voom使用
16
不同软件结果比较与决策
不同软件结果比较与决策 · 核心概念 · 实践要点
不同软件结果比较决策
17
批次效应检测与校正（ComBat等）
批次效应检测与校正（ComBat等） · 核心概念 · 实践要点
ComBat批次效应检测
18
火山图与热图绘制（R包ggplot2/pheatmap）
火山图与热图绘制（R包ggplot2/p… · 核心概念 · 实践要点
ggplot2/phea…火山图
19
基因集富集分析（GSEA）原理与执行
基因集富集分析（GSEA）原理与执行 · 核心概念 · 实践要点
GSEA基因集富集分析
20
使用clusterProfiler进行GO和KEGG富集分析
使用clusterProfiler进行G… · 核心概念 · 实践要点
clusterProfi…GO
21
富集结果可视化
条形图 · 气泡图 · 网络图
富集结果可视化条形图
22
转录因子富集分析（如ENRICHR）
转录因子富集分析（如ENRICHR） · 核心概念 · 实践要点
ENRICHR转录因子富集分析
23
蛋白互作网络分析（STRING、Cytoscape）
蛋白互作网络分析（STRING · 核心概念 · 实践要点
STRINGCytoscape
24
差异可变剪接分析简介（rMATS）
差异可变剪接分析简介（rMATS） · 核心概念 · 实践要点
rMATS差异可变剪接分析…
25
时间序列RNA-seq分析（如maSigPro）
时间序列RNA-seq分析（如maSig… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqmaSigPro
26
单细胞RNA-seq差异分析简介（Seurat）
单细胞RNA-seq差异分析简介（Seu… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqSeurat
27
自动化流程搭建
Snakemake或Nextflow
自动化流程搭建Snakemake
28
结果报告生成
R Markdown或Jupyter…
结果报告生成Markdown
29
常见问题与故障排除
低质量数据 · 低表达基因 · 批次效应
常见问题故障排除
30
实战案例
从原始测序数据到发表级图表全流程
实战案例从原始测序数据到…