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差异基因后的KEGG与GO富集分析教程

共计 30 章节
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01
课程简介与背景
什么是差异基因分析？为何需要富集分析
课程简介背景
02
基因功能注释基础
GO（Gene Ontology）简…
基因功能注释基础GO
03
GO的三个本体
生物学过程 · 分子功能 · 细胞组分
GO的三个本体
04
KEGG数据库概述
通路与模块
KEGG数据库概述
05
差异基因获取方法简述（DESeq2 / edgeR 结果）
差异基因获取方法简述（DESeq2 /… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2edgeR
06
富集分析基本原理
超几何分布与Fisher精确检验
富集分析基本原理Fisher
07
p值校正
Bonferroni · FDR与Benjamini-Hoch…
p值校正Bonferroni
08
常用富集分析工具概览
DAVID · Enrichr · clusterProfiler
常用富集分析工具…DAVID
09
使用clusterProfiler进行GO富集分析（R语言入门）
使用clusterProfiler进行G… · 核心概念 · 实践要点
clusterProfi…GO
10
使用clusterProfiler进行KEGG富集分析
使用clusterProfiler进行K… · 核心概念 · 实践要点
clusterProfi…KEGG
11
富集结果可视化
条形图 · 气泡图
富集结果可视化条形图
12
GO富集分析的层级关系与GOSlim
GO富集分析的层级关系与GOSlim · 核心概念 · 实践要点
GOGOSlim
13
KEGG通路图的绘制与解读
KEGG通路图的绘制与解读 · 核心概念 · 实践要点
KEGG通路图的绘制
14
GSEA（基因集富集分析）原理与做法
GSEA（基因集富集分析）原理与做法 · 核心概念 · 实践要点
GSEA基因集富集分析
15
使用GSEA软件（或clusterProfiler的GSEA功能）
使用GSEA软件（或clusterPro… · 核心概念 · 实践要点
GSEAclusterProfi…
16
网络富集分析
STRING与蛋白互作网络
网络富集分析STRING
17
富集结果合并与比较
多个比较组的联合分析
富集结果合并比较
18
时间序列数据的富集分析
时间序列数据的富集分析 · 核心概念 · 实践要点
时间序列数据的富…重点
19
不同物种间的富集分析（人类 vs 小鼠）
不同物种间的富集分析（人类 vs 小鼠） · 核心概念 · 实践要点
vs不同物种间的富集…
20
在线工具DAVID的使用详解
在线工具DAVID的使用详解 · 核心概念 · 实践要点
DAVID线工具
21
Enrichr与WebGestalt工具介绍
Enrichr与WebGestalt工具… · 核心概念 · 实践要点
EnrichrWebGestalt
22
使用Python进行富集分析（gseapy库）
使用Python进行富集分析（gseap… · 核心概念 · 实践要点
Pythongseapy
23
富集结果的统计检验与可靠性评估
富集结果的统计检验与可靠性评估 · 核心概念 · 实践要点
富集结果的统计检…可靠性评估
24
自定义基因集与富集分析
自定义基因集与富集分析 · 核心概念 · 实践要点
自定义基因集富集分析
25
富集分析结果的报告撰写与图表排版
富集分析结果的报告撰写与图表排版 · 核心概念 · 实践要点
富集分析结果的报…图表排版
26
常见问题与陷阱
基因ID转换 · 数据库版本
常见问题陷阱
27
案例实战1
癌症转录组差异基因富集分析
案例实战1癌症转录组差异基…
28
案例实战2
植物胁迫响应的GO/KEGG分析
案例实战2GO/KEGG
29
案例实战3
单细胞RNA-seq的富集分析入门
案例实战3RNA-seq
30
课程总结与进阶资源
课程总结与进阶资源 · 核心概念 · 实践要点
课程总结进阶资源