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生物数据任务编排与调度工程

共计 30 章节
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01
生物数据任务编排与调度工程导论
目标=课程定位 · 核心问题 · 技术栈全景与学习路径
生物数据任务编排调度工程导论
02
生物数据任务的特征分析
目标=数据规模 · 异构性 · 计算密集型与IO密集型任务
生物数据任务的特…目标=数据规模
03
任务编排与调度的基本概念
目标=DAG · 工作流 · 任务
任务编排调度的基本概念
04
生物信息学典型工作流剖析
目标=从原始测序数据到变异检测的完整…
生物信息学典型工…目标=从原始测序…
05
工作流描述语言与标准
目标=CWL · WDL · Nextflow DSL
工作流描述语言标准
06
基于 Nextflow 的组学数据分析流程编排
目标=流程定义 · 通道 · 算子
Nextflow基于
07
基于 Snakemake 的规则化任务编排
目标=规则 · 通配符 · 输入输出
Snakemake基于
08
基于 WDL/Cromwell 的流程编排
目标=任务 · 工作流 · 输入输出
WDL/Cromwell基于
09
任务依赖建模与DAG构建
目标=依赖解析 · 拓扑排序 · 条件分支
DAG任务依赖建模
10
任务调度基础
目标=调度目标 · 调度策略 · 贪心调度
任务调度基础目标=调度目标
11
面向生物数据的资源感知调度
目标=CPU · 内存 · GPU
面向生物数据的资…CPU
12
数据本地性与数据移动调度
目标=生物数据的分层存储 · 缓存策略与就近计算调度
数据本地性数据移动调度
13
容器化与虚拟化在生物任务调度中的应用
目标=Docker · Singularity · Podman 与镜像管理
容器化虚拟化
14
Kubernetes 上的生物工作流调度
目标=Pod · Job · CronJob
Kubernetes上的生物工作流调…
15
集群与云环境下的任务调度
目标=Slurm · SGE · PBS
集群云环境下的任务调…
16
工作流执行引擎原理
目标=执行图 · 状态管理 · 重试
工作流执行引擎原…目标=执行图
17
生物数据任务的容错与错误处理
目标=失败检测 · 重试策略 · 断点续跑与数据一致性保障
生物数据任务的容…错误处理
18
任务编排中的参数管理与配置
目标=参数扫描 · 样本表 · 配置文件
任务编排参数管理
19
生物数据任务的监控与日志
目标=执行状态追踪 · 资源监控 · 日志聚合与可视化仪表板
生物数据任务的监…日志
20
工作流性能优化
目标=并行度调优 · 任务合并 · 数据分块
工作流性能优化目标=并行度调优
21
成本感知调度
目标=云资源定价模型 · 竞价实例 · 成本估算与预算约束下的调度决策
成本感知调度目标=云资源定价…
22
生物数据安全与合规调度
目标=数据隐私 · 访问控制 · 审计日志与合规工作流设计
生物数据安全合规调度
23
可复现性与版本化工作流
目标=环境锁定 · 容器版本 · 流程版本与结果溯源
可复现性版本化工作流
24
大规模群体基因组学任务编排实战
目标=样本队列管理 · 批次调度与结果聚合
大规模群体基因组…目标=样本队列管…
25
单细胞测序数据分析流水线编排
目标=多步骤任务 · 并行化策略与资源需求匹配
单细胞测序数据分…目标=多步骤任务
26
蛋白质结构预测与分子对接任务调度
目标=GPU 任务编排 · 作业队列与结果管理
蛋白质结构预测分子对接任务调度
27
多组学数据整合分析的工作流调度
目标=跨模态任务依赖 · 数据同步与协调调度
多组学数据整合分…目标=跨模态任务…
28
实时与流式生物数据处理的任务编排
目标=流处理引擎 · 事件驱动调度与低延迟要求
实时流式生物数据处理…
29
工作流编排与调度系统的测试与验证
目标=单元测试 · 集成测试 · 模拟执行与基准测试
工作流编排调度系统的测试
30
生物数据任务编排与调度工程前沿与展望
目标=AI 辅助调度 · 自适应工作流 · 联邦计算与新兴挑战
生物数据任务编排调度工程前沿