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Nextflow CI/CD自动化部署工程

共计 30 章节
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01
课程导入与全景认知
目标=Nextflow CI/CD自… · 核心价值 · 典型应用场景与整体学习路线图
课程导入全景认知
02
Nextflow核心机制回顾
目标=process · channel · operator
Nextflow核心机制回顾
03
CI/CD基础与Nextflow集成逻辑
目标=持续集成 · 持续交付 · 持续部署的基本原理
CI/CDNextflow
04
部署工程环境准备
目标=本地开发环境 · 容器运行时 · 版本控制
部署工程环境准备目标=本地开发环…
05
Nextflow项目结构标准化
目标=目录布局 · 配置文件 · 模块化脚本
Nextflow项目结构标准化
06
Nextflow配置管理工程化
目标=nextflow.config · profiles · 环境变量
Nextflow配置管理工程化
07
容器化Nextflow流程
目标=Docker/Singular… · 依赖封装与可复现运行环境设计
Nextflow容器化
08
版本控制与分支策略
目标=Git工作流 · 分支模型 · 标签管理
版本控制分支策略
09
CI流水线设计
目标=触发条件 · 阶段划分 · 缓存策略
CI流水线设计
10
Nextflow流程的自动化测试
目标=单元测试 · 集成测试 · 端到端测试
Nextflow流程的自动化测试
11
Nextflow lint与静态检查
目标=nf-core lint · Nextflow lint · 配置校验与代码质量门禁集成
Nextflowlint
12
构建产物与制品管理
目标=流程输出 · 日志 · 报告
构建产物制品管理
13
CD流水线设计
目标=部署触发 · 环境晋级 · 审批门禁
CD流水线设计
14
Nextflow Tower/Seqera Platform集成
目标=监控 · 运行历史 · 资源审计与自动化部署的协同
NextflowTower/Seqera
15
云原生部署目标
目标=AWS Batch · Google Cloud Batch · Azure Batch等执行器在CI…
云原生部署目标AWS
16
Kubernetes与Nextflow部署
目标=Helm · Kustomize · Pod配置
KubernetesNextflow
17
HPC与混合环境部署
目标=Slurm · PBS · LSF等调度器集成
HPC混合环境部署
18
密钥与敏感信息管理
目标=CI/CD secrets · Vault · 环境变量注入与Nextflow流程中…
密钥敏感信息管理
19
流水线可观测性
目标=日志聚合 · 指标采集 · 告警通知
流水线可观测性目标=日志聚合
20
自动化部署中的错误处理
目标=失败重试 · 断点续跑 · 缓存恢复
自动化部署错误处理
21
性能与成本优化
目标=资源请求调优 · 并行度控制 · 缓存复用
性能成本优化
22
多环境与多租户部署
目标=开发 · 测试 · 生产环境隔离
多环境多租户部署
23
Nextflow流程版本发布
目标=语义化版本 · 变更日志 · 发布说明
Nextflow流程版本发布
24
端到端实战
目标=从代码提交到Nextflow流…
端到端实战Nextflow
25
GitOps与Nextflow
目标=声明式部署 · 配置仓库 · 自动同步与Nextflow工作流版本…
GitOpsNextflow
26
安全与合规
目标=供应链安全 · 镜像扫描 · 依赖审计
安全合规
27
故障演练与混沌工程
目标=模拟CI/CD失败 · 部署中断 · 资源不足等场景并验证恢复能力
故障演练混沌工程
28
CI/CD流水线性能调优
目标=并行阶段 · 缓存命中率 · 构建时间分析与Nextflow流程启…
CI/CD流水线性能调优
29
团队协作与文档自动化
目标=贡献指南 · 模板仓库 · 自动化文档生成与新人上手流水线
团队协作文档自动化
30
课程总结与进阶路线
目标=核心能力回顾 · 常见反模式 · 持续改进方向与Nextflow CI…
课程总结进阶路线