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Nextflow多组学管线搭建从入门到实战

共计 30 章节
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01
Nextflow简介与安装
Nextflow发展史 · 应用场景 · 安装方法（conda/curl）以及…
Nextflow简介
02
核心概念
流程 workflow · 进程 process · 通道 channel 的基本概念与关…
核心概念workflow
03
DSL2语法基础
workflow块 · process定义 · take/emit声明式输入输出
DSL2语法基础
04
通道操作
from · filter · map
通道操作from
05
进程定义详解
input · output · script
进程定义详解input
06
参数与配置文件
params定义 · nextflow.config层级覆… · file/string等参数类型
参数配置文件
07
多环境配置
profile机制 · conda环境 · docker容器
多环境配置profile
08
模块化设计
模块文件结构 · include引入 · 模块参数化与复用
模块化设计模块文件结构
09
流程复用
subworkflow定义 · 模块组合与嵌套 · 多流程联合调度
流程复用subworkflow
10
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · 动态资源重试
错误处理重试
11
资源管理与executor
local · slurm · pbs
executor资源管理
12
AWS Batch集成
IAM角色 · S3桶 · 提交作业队列配置与实战
AWSBatch
13
使用Docker/Singularity容器
Dockerfile编写 · 容器注册 · 可重复性保障
Docker/Singu…使用
14
依赖管理
Conda环境创建 · bioconda包 · 环境yaml文件固化
依赖管理Conda
15
多组学概述
转录组 · 蛋白质组 · 代谢组
多组学概述转录组
16
RNA-seq分析流程
STAR比对 · featureCounts定量 · DESeq2差异表达
RNA-seq分析流程
17
蛋白质组学流程
MaxQuant搜库 · MSFragger鉴定 · iBAQ定量
蛋白质组学流程MaxQuant
18
代谢组学流程
XCMS峰检测 · CAMERA注释 · 统计分析（PCA/OPLS-DA）
代谢组学流程XCMS
19
微生物组16S流程
QIIME2扩增子分析 · DADA2降噪 · 分类学注释
微生物组16S流…QIIME2
20
多组学数据整合
MOFA（多因子分析） · DIABLO · WGCNA共表达网络
多组学数据整合MOFA
21
使用nf-core现成流程
安装 · 配置 · 自定义参数
nf-core使用
22
自定义模块开发
模块结构 · 测试用例 · 发布到nf-core/modules
自定义模块开发模块结构
23
流程测试与调试
-stub-run模拟运行 · -with-report报告 · -with-trace跟踪
流程测试调试
24
版本控制与协作
Git仓库管理 · GitHub Actions CI自…
版本控制协作
25
流程中间产物管理
publishDir模式 · storeDir缓存 · 清理策略
流程间产物管理
26
工作流监控
Trace文件 · Timeline可视化 · DAG图生成
工作流监控Trace
27
大规模数据处理
集群资源分配 · 批处理优化 · checkpoint断点续跑
大规模数据处理集群资源分配
28
实战项目一
转录组+蛋白质组联合分析流程（从ra…
实战项目一ra
29
实战项目二
代谢组+微生物组联合分析流程（关联网…
实战项目二代谢组+微生物组…
30
实战总结与最佳实践
常见坑点 · 性能调优 · 团队协作经验分享
实战总结最佳实践