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计算生物结果追踪与复现工程

共计 30 章节
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01
课程导入与复现危机
目标=计算生物结果不可复现的现状 · 根源与工程化解决思路 · 明确本课程的核心对象与学习路径
课程导入复现危机
02
复现工程基础概念
目标=可复现性 · 可重复性 · 可重现性
复现工程基础概念目标=可复现性
03
计算生物典型工作流剖析
目标=从原始数据到最终结果的完整链条 · 识别影响追踪与复现的关键节点与常见陷…
计算生物典型工作…目标=从原始数据…
04
版本控制核心技能
目标=Git 在计算生物项目中的进阶… · 包括分支策略 · 标签
版本控制核心技能Git
05
数据版本化与追踪
目标=DVC · Git LFS 等工具管理数据与模型… · 实现数据与代码的同步追踪
数据版本化追踪
06
计算环境捕获
目标=Conda · pip · renv
计算环境捕获Conda
07
容器化实战
目标=Docker 与 Singul… · 构建可复现的分析镜像并共享
容器化实战Docker
08
工作流管理系统入门
目标=Snakemake · Nextflow · CWL 的核心概念与选择依据
工作流管理系统入…Snakemake
09
工作流管理系统进阶
目标=模块化 · 参数化 · 错误处理与跨平台执行
工作流管理系统进…目标=模块化
10
结果溯源与元数据管理
目标=记录分析步骤 · 参数 · 软件版本与随机种子
结果溯源元数据管理
11
随机性与确定性控制
目标=随机种子管理 · 并行计算中的可复现性挑战与应对策略
随机性确定性控制
12
计算生物常用文件格式与校验
目标=FASTQ · BAM · VCF
计算生物常用文件…校验
13
自动化测试与持续集成
目标=为分析脚本编写单元测试 · 集成测试 · 并利用 CI 服务自动验证复现性
自动化测试持续集成
14
复现性检查清单与审计
目标=制定项目级复现性检查清单 · 执行内部或外部审计并生成报告
复现性检查清单审计
15
交互式分析与笔记本复现
目标=Jupyter Noteboo… · R Markdown 的版本控制 · 参数化与可复现报告生成
交互式分析笔记本复现
16
高性能计算环境下的复现
目标=集群作业调度 · 模块系统 · 共享文件系统对追踪与复现的影响与对策
高性能计算环境下…目标=集群作业调…
17
云平台与复现工程
目标=AWS · GCP · Azure 等云环境中的计算生物工作…
云平台复现工程
18
案例实战一
目标=RNA-seq 差异表达分析全… · 从原始数据到可视化报告
案例实战一RNA-seq
19
案例实战二
目标=全基因组关联分析（GWAS）的… · 处理大规模基因型与表型数据
案例实战二GWAS
20
案例实战三
目标=单细胞转录组分析的可复现流程 · 涵盖降维 · 聚类与细胞类型注释
案例实战三目标=单细胞转录…
21
案例实战四
目标=系统发育分析的可复现构建 · 包括序列比对 · 模型选择与树评估
案例实战四目标=系统发育分…
22
案例实战五
目标=分子动力学模拟的追踪与复现 · 管理力场参数 · 初始构象与轨迹分析
案例实战五目标=分子动力学…
23
案例实战六
目标=机器学习模型在计算生物中的可复… · 涵盖数据划分 · 超参数调优与模型持久化
案例实战六目标=机器学习模…
24
协作与复现
目标=多人团队中的代码审查 · 数据共享 · 结果交接与复现责任划分
协作复现
25
发布与归档
目标=将可复现的分析打包为出版物 · Zenodo · Figshare 等归档平台的使用与…
发布归档
26
复现性度量与评估
目标=量化复现难度 · 自动化评估工具与复现性评分框架
复现性度量评估
27
法律与伦理考量
目标=数据隐私 · 许可协议 · 知识产权对结果追踪与复现的影响
法律伦理考量
28
前沿工具与趋势
目标=新兴的复现工程工具 · 标准与社区实践 · 如 RO-Crate
前沿工具趋势
29
综合项目
目标=从零构建一个完整的计算生物可复… · 涵盖设计 · 实现
综合项目目标=从零构建一…
30
课程总结与展望
目标=回顾核心技能 · 规划个人与团队的复现工程能力提升路径
课程总结目标=回顾核心技…