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计算生物学平台运维工程

共计 30 章节
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01
计算生物学平台运维工程导论
目标=课程定位 · 运维对象 · 核心职责
计算生物学平台运…目标=课程定位
02
计算生物学平台硬件基础设施
目标=CPU/GPU异构计算 · 大内存节点 · 高速存储
计算生物学平台硬…CPU/GPU
03
集群操作系统与基础环境
目标=Linux发行版选型 · 内核参数 · 文件系统
集群操作系统基础环境
04
作业调度系统运维
目标=Slurm/PBS/LSF架构 · 队列配置 · 资源分配
作业调度系统运维Slurm/PBS/LS…
05
并行文件系统与存储运维
目标=Lustre/GPFS/NFS… · 挂载调优 · 配额管理
并行文件系统存储运维
06
容器化与镜像管理
目标=Docker/Singular… · 镜像构建 · 仓库管理与安全隔离
容器化镜像管理
07
工作流管理系统运维
目标=Nextflow/Snakem… · 执行器配置 · 日志监控与重跑机制
工作流管理系统运…Nextflow/Sna…
08
生信软件与参考数据库运维
目标=软件版本管理 · 依赖冲突解决 · 参考基因组与注释库更新策略
生信软件参考数据库运维
09
计算生物学平台网络工程
目标=内网互联 · 防火墙策略 · VPN接入
计算生物学平台网…目标=内网互联
10
平台监控体系构建
目标=Prometheus/Graf… · 节点指标 · 作业指标
平台监控体系构建Prometheus/G…
11
日志集中管理与分析
目标=ELK/Loki方案 · 作业日志采集 · 审计日志
日志集管理
12
用户管理与多租户隔离
目标=账号生命周期 · 配额与QoS · 项目组隔离
用户管理多租户隔离
13
平台安全与合规运维
目标=SSH安全 · 漏洞修补 · 数据加密
平台安全合规运维
14
备份与灾难恢复
目标=备份策略 · 快照技术 · 异地容灾
备份灾难恢复
15
平台性能调优实战
目标=CPU/GPU利用率 · IO瓶颈 · 网络延迟
平台性能调优实战CPU/GPU
16
生信流程资源画像与容量规划
目标=常见流程资源消耗特征 · 历史数据分析 · 扩容与成本优化
生信流程资源画像容量规划
17
平台自动化运维
目标=Ansible/SaltSta… · 配置管理 · 批量部署与基础设施即代码
平台自动化运维Ansible/Salt…
18
CI/CD与平台服务发布
目标=GitLab CI/Jenki… · 生信工具容器化发布 · 版本回滚与灰度上线
CI/CD平台服务发布
19
云原生计算生物学平台
目标=Kubernetes调度 · 云上弹性集群 · 混合云架构与成本治理
云原生计算生物学…Kubernetes
20
数据管理与元数据运维
目标=数据目录 · 元数据标准 · 数据血缘
数据管理元数据运维
21
平台故障应急响应
目标=常见故障场景 · 应急预案 · 值班机制
平台故障应急响应目标=常见故障场…
22
科研支持与用户服务
目标=需求受理 · 培训体系 · 文档建设
科研支持用户服务
23
平台计量与计费系统
目标=资源计量 · 成本分摊 · 账单生成
平台计量计费系统
24
生信平台典型工作流运维案例
目标=WGS/WES/RNA-seq… · 调优与故障处理
生信平台典型工作…WGS/WES/RNA-…
25
GPU与加速计算运维
目标=CUDA环境 · GPU调度 · 显存管理
GPU加速计算运维
26
大规模队列与多组学数据运维
目标=数据摄入 · 质控 · 批处理
大规模队列多组学数据运维
27
平台可观测性与SLO管理
目标=服务等级目标 · 指标看板 · 容量趋势
SLO平台可观测性
28
运维自动化脚本与工具开发
目标=Python/Shell/Go… · API集成 · 任务编排与自愈系统
运维自动化脚本工具开发
29
平台升级与迁移工程
目标=版本升级 · 数据迁移 · 停机窗口
平台升级迁移工程
30
运维工程综合实战
目标=从需求到交付 · 设计并运维一个计算生物学平台 · 涵盖部署
运维工程综合实战目标=从需求到交…