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生物计算任务资源治理工程

共计 30 章节
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01
生物计算任务资源治理工程导论
目标=课程定位 · 核心问题 · 治理对象与工程边界
生物计算任务资源…目标=课程定位
02
生物计算任务的特征建模
目标=数据密集型 · 流程异构性 · 突发并发与长尾作业的资源需求刻画
生物计算任务的特…目标=数据密集型
03
资源治理的目标与约束
目标=公平性 · 效率 · 成本
资源治理的目标约束
04
生物计算基础设施资源图谱
目标=CPU · GPU · FPGA
生物计算基础设施…CPU
05
任务资源画像方法
目标=从FASTQ · BAM · VCF等生物数据特征到计算资源需求预…
任务资源画像方法FASTQ
06
资源治理策略设计
目标=配额 · 预留 · 抢占
资源治理策略设计目标=配额
07
工作流引擎与资源调度
目标=Nextflow · Snakemake · Cromwell与Kubernete…
工作流引擎资源调度
08
容器化与可复现资源封装
目标=Docker · Singularity/Apptai…
容器化可复现资源封装
09
存储资源治理
目标=生物数据生命周期 · 冷热分层 · 缓存策略与I/O瓶颈缓解
存储资源治理目标=生物数据生…
10
计算资源治理
目标=GPU加速生物任务 · 异构资源池化与任务放置优化
计算资源治理GPU
11
网络资源治理
目标=跨机构数据流转 · 传输调度与生物信息云边协同带宽管理
网络资源治理目标=跨机构数据…
12
资源监控与度量体系
目标=生物任务级 · 工作流级与基础设施级的指标采集与可视…
资源监控度量体系
13
资源使用计量与成本分摊
目标=生物计算项目的计费模型 · 预算控制与成本优化
资源使用计量成本分摊
14
资源治理中的公平性与优先级
目标=多用户 · 多项目 · 多机构场景下的策略实现
资源治理公平性
15
任务排队与调度实战
目标=基于真实生物信息流水线的队列治…
任务排队调度实战
16
弹性资源治理
目标=云爆发 · 混合云与突发生物计算任务的自动扩缩容
弹性资源治理目标=云爆发
17
资源治理中的故障与容错
目标=任务重试 · 检查点 · 资源回收与异常检测
资源治理故障
18
数据安全与合规资源治理
目标=隐私保护 · 访问控制与生物数据跨境计算资源约束
数据安全合规资源治理
19
资源治理策略即代码
目标=策略定义 · 版本控制 · 自动化部署与审计追踪
资源治理策略即代…目标=策略定义
20
生物计算任务资源治理平台架构
目标=控制面 · 数据面与治理面的工程实现
生物计算任务资源…目标=控制面
21
多租户资源治理
目标=隔离 · 配额 · 共享与生物计算社区平台的治理实践
多租户资源治理目标=隔离
22
资源治理与工作流优化协同
目标=DAG调度 · 任务合并与资源感知的流程重构
资源治理工作流优化协同
23
面向AI/ML生物计算任务的资源治理
目标=训练 · 推理与数据管道的资源协同
AI/ML面向
24
资源治理实验与基准测试
目标=设计生物计算任务基准 · 压测与治理策略评估
资源治理实验基准测试
25
资源治理的可观测性与根因分析
目标=日志 · 追踪 · 指标融合与生物任务性能诊断
资源治理的可观测…根因分析
26
资源治理自动化与智能决策
目标=规则引擎 · 强化学习与预测式资源调度
资源治理自动化智能决策
27
大规模生物计算任务资源治理案例
目标=基因组学 · 蛋白质组学与药物发现场景
大规模生物计算任…目标=基因组学
28
资源治理工程中的组织与流程
目标=团队协作 · SLA · 运维流程与变更管理
资源治理工程组织
29
资源治理成熟度与持续改进
目标=评估模型 · 治理路线图与迭代优化方法
资源治理成熟度持续改进
30
课程综合实战
目标=设计并实现一个生物计算任务资源… · 覆盖画像 · 调度
课程综合实战目标=设计并实现…