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LFQ与TMT定量流程从入门到实战

共计 30 章节
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01
蛋白质组学定量概述
LFQ与TMT技术简介 · 应用场景与选择依据
蛋白质组学定量概…LFQ
02
实验设计基础
样本分组 · 标记策略 · 随机化与批次效应控制
实验设计基础样本分组
03
样本前处理流程
蛋白提取 · 定量 · 酶解
样本前处理流程蛋白提取
04
TMT标记原理
TMT试剂结构 · 标记反应条件 · 标记效率验证
TMT标记原理
05
LC-MS/MS数据采集
液相色谱分离 · 质谱参数设置（DDA/DIA） · 数据质量评估
LC-MS/MS数据采集
06
质谱原始数据格式
RAW · mzML · mzXML简介与转换工具
质谱原始数据格式RAW
07
数据库搜索基础
搜索引擎（MaxQuant/Come… · 参数设置 · FDR控制
数据库搜索基础MaxQuant/Com…
08
MaxQuant软件安装与配置
系统要求 · GUI界面 · 常用配置文件说明
MaxQuant软件安装
09
MaxQuant搜索流程实战
输入文件准备 · Group-specific参数 · Global参数
MaxQuant搜索流程实战
10
LFQ定量原理
MaxLFQ算法 · 归一化方法 · 缺失值处理策略
LFQ定量原理
11
TMT定量原理
报告离子提取 · 同位素校正 · 比值计算与归一化
TMT定量原理
12
蛋白质定量结果解析
evidence.txt · proteinGroups.txt · peptides.txt文件解读
蛋白质定量结果解…evidence.txt
13
数据质量控制
鉴定数目 · 缺失率 · 相关性分析
数据质量控制鉴定数目
14
差异蛋白筛选
统计检验（t检验 · ANOVA） · 多重检验校正（BH
差异蛋白筛选统计检验
15
R语言基础操作
数据读取 · 清洗 · tidyverse包使用入门
R语言基础操作数据读取
16
基于R的定量数据分析实战
读取MaxQuant输出 · 合并样本 · 归一化
基于R的定量数据…MaxQuant
17
Python在蛋白质组学中的应用
pandas · numpy基础及LFQ数据处理示例
Python蛋白质组学
18
蛋白质鉴定与定量报告生成
使用自定义脚本生成Excel/PDF…
蛋白质鉴定定量报告生成
19
通路富集分析基础
KEGG · GO · Reactome数据库简介与工具（c…
通路富集分析基础KEGG
20
使用R进行富集分析
基因ID转换 · 富集测试 · 气泡图/网络图绘制
使用R进行富集分…ID
21
基于Web的工具使用
DAVID · STRING · Enrichr在线富集分析
Web基于
22
数据可视化原理
火山图 · 热图 · 箱线图
数据可视化原理火山图
23
使用R/ggplot2绘制出版物级图表
火山图 · 热图 · 聚类图实例
R/ggplot2使用
24
多批次数据分析
ComBat · limma批次校正方法及实战
多批次数据分析ComBat
25
定量结果的生物信息学挖掘
蛋白互作网络 · 时序分析 · 多组学关联思路
定量结果的生物信…蛋白互作网络
26
TMT与LFQ方法比较
定量准确性 · 可重复性 · 成本
TMTLFQ
27
常见问题排查
标记效率低 · 定量缺失率高 · 批次效应
常见问题排查标记效率低
28
项目实战一
基于MaxQuant的LFQ定量流程…
项目实战一MaxQuant
29
项目实战二
基于MaxQuant的TMT定量流程…
项目实战二MaxQuant
30
课程总结与进阶方向
DIA定量 · 磷酸化蛋白质组学 · 空间蛋白质组学简介
课程总结进阶方向