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R语言宏基因组物种丰度数据分析实战

共计 30 章节
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01
宏基因组学概述与R语言基础环境搭建
宏基因组学概述与R语言基础环境搭建 · 核心概念 · 实践要点
宏基因组学概述R语言基础环境搭…
02
R与RStudio安装及宏基因组相关R包安装（phyloseq、vegan、DE
R与RStudio安装及宏基因组相关R包… · 核心概念 · 实践要点
RStudiophyloseq
03
物种丰度数据格式解读
OTU表 · ASV表 · BIOM格式及元数据文件
物种丰度数据格式…OTU
04
数据导入
使用phyloseq读取OTU/AS… · 分类注释表和样本元数据
数据导入phyloseq
05
数据清洗与过滤
去除低丰度 · 低出现频率的OTU/ASV及污染序列
数据清洗过滤
06
数据标准化方法对比
总丰度归一化 · CSS · TMM
数据标准化方法对…总丰度归一化
07
物种注释信息提取与整理
从Kingdom到Species各层…
物种注释信息提取整理
08
α多样性指数计算
Observed · Chao1 · Shannon
α多样性指数计算Observed
09
α多样性可视化
箱线图 · 小提琴图 · 稀释曲线（rarecurve）
α多样性可视化箱线图
10
β多样性距离矩阵计算
Bray-Curtis · Jaccard · 加权/非加权UniFrac
β多样性距离矩阵…Bray-Curtis
11
β多样性降维可视化
PCoA · NMDS · PCA及置信椭圆添加
β多样性降维可视…PCoA
12
α多样性组间差异检验
Wilcoxon秩和检验 · Kruskal-Wallis检验 · t检验
α多样性组间差异…Wilcoxon
13
β多样性组间差异检验
PERMANOVA（adonis2） · ANOSIM · HOMOGENEITY
β多样性组间差异…PERMANOVA
14
物种组成堆叠柱状图
门 · 纲 · 属水平相对丰度展示
物种组成堆叠柱状…属水平相对丰度展…
15
物种丰度热图与层级聚类
pheatmap与gplots包实战
物种丰度热图层级聚类
16
差异丰度分析——DESeq2在宏基因组中的应用与结果解读
差异丰度分析——DESeq2在宏基因组中… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2差异丰度分析
17
差异丰度分析——edgeR的稳健方法与负二项模型
差异丰度分析——edgeR的稳健方法与负… · 核心概念 · 实践要点
edgeR差异丰度分析
18
差异丰度分析——LEfSe
线性判别分析效应大小计算与Clado…
LEfSe差异丰度分析
19
差异丰度分析——ANCOM-BC
考虑测序偏差的组成比较
ANCOM-BC差异丰度分析
20
差异丰度分析——MaAsLin2
多变量关联与协变量调整
MaAsLin2差异丰度分析
21
功能预测简介
PICRUSt2与Tax4Fun2原…
功能预测简介PICRUSt2
22
功能预测结果可视化
KEGG通路丰度热图 · COG功能分类柱状图
功能预测结果可视…KEGG
23
物种共现网络分析
igraph构建节点与边 · 计算模块性
物种共现网络分析igraph
24
机器学习用于物种丰度分类
随机森林 · LASSO回归与交叉验证
机器学习用于物种…随机森林
25
纵向（时间序列）数据分析
重复测量与线性混合效应模型
纵向时间序列
26
多变量约束分析
CCA（典范对应分析）与RDA（冗余…
多变量约束分析CCA
27
环境因子关联分析
Mantel检验 · 相关性热图（corrplot）
环境因子关联分析Mantel
28
可视化进阶
ggplot2主题定制 · 分面 · 组合图与phylopic添加
可视化进阶ggplot2
29
交互式报告生成
R Markdown与Quarto制…
交互式报告生成Markdown
30
实战案例
从原始OTU表到论文级图表（含统计检…
实战案例OTU